More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2063 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  168  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 223 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 268 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  43.27 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  45 
 
 		 231 aa  161  9e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  37.69 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  40.98 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 223 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 226 aa  158  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 223 aa  158  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 214 aa  156  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  42.71 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 222 aa  154  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  45 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  40.11 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 		 229 aa  148  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  37.8 
 
 		 227 aa  145  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 245 aa  141  7e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  40.3 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 267 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 230 aa  118  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  36.06 
 
 		 242 aa  115  6e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  35.48 
 
 		 257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 215 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 215 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 230 aa  112  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 226 aa  111  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 224 aa  108  9.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 210 aa  102  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 213 aa  102  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 213 aa  102  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 234 aa  99.8  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 213 aa  99  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 231 aa  98.2  8e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  32.65 
 
 		 222 aa  97.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 219 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 219 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 213 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 207 aa  97.1  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 221 aa  95.1  7e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  35.1 
 
 		 236 aa  94.4  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 222 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 245 aa  92  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 235 aa  91.7  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  32.49 
 
 		 231 aa  91.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  30.48 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 222 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 219 aa  90.9  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  32.2 
 
 		 245 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 222 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 		 218 aa  89.4  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 222 aa  88.6  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 221 aa  89  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 245 aa  88.6  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 232 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 229 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  28.43 
 
 		 224 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 209 aa  87.4  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  31.91 
 
 		 232 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 223 aa  86.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 248 aa  86.3  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 235 aa  85.9  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>