More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1431 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  448  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  86.36 
 
 		 222 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  85.45 
 
 		 222 aa  391  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  70.73 
 
 		 221 aa  293  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  64.35 
 
 		 230 aa  285  4e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  62.44 
 
 		 226 aa  284  5.999999999999999e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  58.11 
 
 		 222 aa  249  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 232 aa  114  8.999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  33.67 
 
 		 226 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 223 aa  111  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 230 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  36.46 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 257 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  29.49 
 
 		 224 aa  99.4  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  35.61 
 
 		 224 aa  99  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 223 aa  97.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 223 aa  96.3  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 223 aa  95.5  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 206 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 230 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 267 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 226 aa  93.6  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 245 aa  93.2  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 213 aa  92.8  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 223 aa  92.4  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 239 aa  92  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  32.64 
 
 		 222 aa  92  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 235 aa  91.7  8e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 223 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  29.29 
 
 		 223 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 223 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 223 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 231 aa  90.9  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 227 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 247 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 219 aa  89.7  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 217 aa  89.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 240 aa  89.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 219 aa  89.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  31.61 
 
 		 222 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 226 aa  89  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 223 aa  89.4  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 223 aa  89.4  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 218 aa  89  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 246 aa  88.6  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 223 aa  88.6  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 225 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 226 aa  87.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 233 aa  86.7  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 247 aa  87  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 226 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  37.43 
 
 		 221 aa  86.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 232 aa  86.7  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 224 aa  86.7  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  29.21 
 
 		 227 aa  85.9  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.49 
 
 		 228 aa  85.1  7e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 222 aa  85.5  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 230 aa  85.1  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  36.5 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  27.78 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3337  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0218222  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5188  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.948488  normal  0.0144297 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  37.78 
 
 		 218 aa  81.6  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  30.39 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  28.65 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2945  transcriptional regulator, GntR family  36.05 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000364354  hitchhiker  0.000119928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4215  transcriptional regulator, GntR family  35.36 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162899  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 273 aa  79.7  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  38.46 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  28.25 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>