More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4345 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  98.26 
 
 		 267 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  92.54 
 
 		 247 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 232 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  39.8 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 223 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  35.68 
 
 		 224 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 223 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  37.9 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 233 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  38.14 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  35.78 
 
 		 224 aa  136  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 232 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  33.94 
 
 		 227 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 260 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 217 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 223 aa  134  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  38.19 
 
 		 223 aa  134  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 223 aa  134  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 223 aa  134  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 223 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 206 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 236 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  31.43 
 
 		 222 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  31.43 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 223 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 226 aa  128  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 229 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 		 257 aa  126  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 223 aa  124  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 226 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 215 aa  122  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 215 aa  122  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 226 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 		 232 aa  121  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 226 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 229 aa  118  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 219 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 219 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 213 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 213 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 242 aa  111  9e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 231 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 207 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 226 aa  108  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  30.88 
 
 		 217 aa  108  5e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 213 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 231 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.17 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 230 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  29.47 
 
 		 219 aa  102  3e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 218 aa  102  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  27.72 
 
 		 224 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 248 aa  99.8  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 218 aa  98.6  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 233 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  30 
 
 		 210 aa  97.8  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>