More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0181 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  95.61 
 
 		 229 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  95.18 
 
 		 229 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  92.04 
 
 		 232 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  65.5 
 
 		 236 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  68.64 
 
 		 245 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  66.82 
 
 		 245 aa  278  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 230 aa  258  6e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 230 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  34.85 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 223 aa  115  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 229 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 226 aa  113  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 		 257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 233 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  34.11 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 214 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 223 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 268 aa  107  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 223 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 225 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 223 aa  105  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 222 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  32.84 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  40.11 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  35.15 
 
 		 263 aa  99  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 226 aa  98.6  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 229 aa  99  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  32 
 
 		 227 aa  98.6  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 226 aa  98.6  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 226 aa  98.2  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 242 aa  98.2  9e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 239 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 226 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 213 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 234 aa  97.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  32.09 
 
 		 224 aa  96.7  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 219 aa  95.1  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 219 aa  95.1  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 213 aa  95.1  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 217 aa  95.1  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 235 aa  93.2  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 229 aa  92.8  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 229 aa  92  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  34.71 
 
 		 232 aa  89.7  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 213 aa  89.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 213 aa  89.4  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 207 aa  89  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 235 aa  87  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  37.41 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 223 aa  86.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 238 aa  86.3  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 222 aa  86.3  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.86 
 
 		 226 aa  86.3  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  40.82 
 
 		 215 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 213 aa  85.9  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 242 aa  85.1  9e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.69 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.65 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  31.98 
 
 		 222 aa  84  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3549  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3620  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0556349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3655  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3717  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.297823 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3548  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  28.38 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>