More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1334 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  448  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  89.73 
 
 		 259 aa  364  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 250 aa  157  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  43.27 
 
 		 250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  36.56 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  45.11 
 
 		 253 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 244 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  38.53 
 
 		 234 aa  136  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 215 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  40.29 
 
 		 218 aa  125  7e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  35.82 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  36.76 
 
 		 224 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 217 aa  108  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 216 aa  97.4  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  32.42 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  32.49 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 204 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3461  transcriptional regulator, GntR family  32.32 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 226 aa  72  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 223 aa  72  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14130  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.377103  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  34.97 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  36.84 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  32.03 
 
 		 219 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 249 aa  67  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  31.77 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 240 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  30.18 
 
 		 238 aa  65.1  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  26.23 
 
 		 228 aa  65.1  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  28.42 
 
 		 232 aa  64.7  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3794  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.436096  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4868  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.37214 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12050  transcriptional regulator, GntR family  43.02 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.549361  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  38.79 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.67 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  38.79 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 224 aa  62  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 233 aa  61.6  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1526  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.625253  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 229 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 236 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  28.29 
 
 		 244 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  28.21 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  29.8 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2875  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>