More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2587 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 225 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  65.74 
 
 		 216 aa  268  5e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  54.81 
 
 		 215 aa  219  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 216 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 217 aa  202  4e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 245 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 250 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 244 aa  136  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 224 aa  134  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 250 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  38.21 
 
 		 247 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 241 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 253 aa  121  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 204 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 231 aa  118  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 227 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 259 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 		 218 aa  98.2  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  32.26 
 
 		 226 aa  91.7  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 230 aa  89  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 227 aa  87.8  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 223 aa  85.1  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.84 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3461  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 226 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  29.17 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 231 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7641  transcriptional regulator, GntR family  30.11 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.587839 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  27.03 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  26.84 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3621  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 216 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 254 aa  75.1  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  27.96 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 244 aa  72  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 235 aa  72  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  24.47 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.49 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 222 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  27.49 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 267 aa  69.3  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4275  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  28.85 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 224 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  27 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  26.42 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>