More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4275 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4275  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 235 aa  463  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0549  GntR family transcriptional regulator  69.57 
 
 		 255 aa  317  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1296  transcriptional regulator, GntR family  49.77 
 
 		 233 aa  208  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.032312  normal  0.299541 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 242 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 251 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 263 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 251 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5787  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00572916 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  43.69 
 
 		 259 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  43.24 
 
 		 259 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 234 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 234 aa  168  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 234 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 234 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  42.33 
 
 		 249 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 234 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 234 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 230 aa  164  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3272  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 236 aa  164  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 234 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 234 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2921  transcriptional regulator, GntR family  41.44 
 
 		 236 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.277929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2660  transcriptional regulator, GntR family  39.37 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3664  transcriptional regulator, GntR family  43.26 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  41.41 
 
 		 246 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 245 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  40.35 
 
 		 255 aa  155  8e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  38.29 
 
 		 224 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 238 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3937  transcriptional regulator, GntR family  36.75 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0563072  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0403  GntR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 238 aa  151  7e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000148823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 247 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0069  GntR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 247 aa  148  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1096  GntR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 277 aa  148  7e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6280  transcriptional regulator GntR family  41.58 
 
 		 236 aa  148  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2469  GntR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3530  transcriptional regulator GntR  37.67 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1052  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0904043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3189  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 268 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1873  transcriptional regulator, GntR family  37.21 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.561866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0494  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.708073 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3371  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 244 aa  141  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.302554 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1101  GntR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0205  GntR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 268 aa  139  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.134484 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 260 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2161  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111337  normal  0.915655 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0680  GntR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231512  normal  0.107075 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4320  GntR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 247 aa  138  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196319  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5540  transcriptional regulator, GntR family  36.97 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1934  transcriptional regulator, GntR family  36.97 
 
 		 252 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0424955 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3147  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 246 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2253  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218359  normal  0.132912 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5342  transcriptional regulator, GntR family  41.74 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.912563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3301  GntR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3485  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122835  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  36.03 
 
 		 252 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.968354 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1419  GntR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.17694 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1112  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 221 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4855  GntR domain-containing protein  41.35 
 
 		 233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4418  GntR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 236 aa  132  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.494465  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3474  transcriptional regulator, GntR family  35.24 
 
 		 246 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3339  GntR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 237 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1099  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322979  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2117  transcription regulator protein  36.91 
 
 		 250 aa  132  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.930818 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1964  transcriptional regulator, GntR family  41.98 
 
 		 233 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.117742 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4065  GntR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 237 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0778  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 253 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3276  transcription regulator protein  37.09 
 
 		 229 aa  131  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3638  hypothetical protein  41.03 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.513406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0899  transcriptional regulator, GntR family  35.51 
 
 		 240 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1884  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 222 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.372242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0727  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3833  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.644681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 225 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1038  transcriptional regulator, GntR family  39.44 
 
 		 225 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3930  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 237 aa  128  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.709239  normal  0.547681 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0657  transcriptional regulator, GntR family  33.8 
 
 		 240 aa  128  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.322488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>