More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3906 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  499  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  70.04 
 
 		 231 aa  310  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 227 aa  186  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  40.78 
 
 		 240 aa  164  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  40.78 
 
 		 238 aa  164  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  45.85 
 
 		 216 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 216 aa  161  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 226 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  39.8 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 258 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 226 aa  148  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  37.84 
 
 		 223 aa  141  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 225 aa  122  5e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 224 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.23 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 215 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 233 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 232 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 233 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 233 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 233 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 239 aa  99.4  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 235 aa  99  6e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 230 aa  98.6  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 233 aa  98.6  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 244 aa  98.2  9e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 253 aa  98.2  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.63 
 
 		 215 aa  97.4  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 		 229 aa  97.4  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 233 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 233 aa  96.7  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 238 aa  96.7  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 230 aa  96.3  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 235 aa  96.3  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 		 223 aa  95.9  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 228 aa  95.5  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 239 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 219 aa  94  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 218 aa  94  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 248 aa  93.2  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 230 aa  92.8  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 242 aa  92.8  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  29.21 
 
 		 247 aa  92.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 235 aa  92.4  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 250 aa  92  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 228 aa  92  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 223 aa  92  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 218 aa  92  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 241 aa  92  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 229 aa  90.9  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 233 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  31.87 
 
 		 222 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 250 aa  90.5  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  29.74 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 218 aa  89.4  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  30.56 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 233 aa  89  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 234 aa  89  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 230 aa  88.6  9e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 264 aa  88.2  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 212 aa  86.7  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 222 aa  86.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1978  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 222 aa  87  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 254 aa  85.9  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 254 aa  85.5  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 231 aa  85.5  8e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 227 aa  85.5  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 226 aa  85.1  8e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 237 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>