More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3003 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  65.74 
 
 		 225 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  55.87 
 
 		 215 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 216 aa  210  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 217 aa  188  5e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 250 aa  152  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  40.67 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 241 aa  131  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  39.51 
 
 		 250 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 245 aa  124  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 253 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 215 aa  122  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 204 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  37.98 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  35.27 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 229 aa  89  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  33.54 
 
 		 226 aa  85.9  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 240 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.42 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 227 aa  78.2  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 216 aa  78.2  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 238 aa  78.2  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3621  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3461  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  30.81 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  35.46 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  35.16 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  33.9 
 
 		 274 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  33.9 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7641  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.587839 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  33.9 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  29.11 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 218 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  34.75 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.53 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  35.97 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  25.93 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  34.75 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  30.49 
 
 		 269 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 256 aa  68.2  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 254 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>