More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8055 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 250 aa  498  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  55.19 
 
 		 250 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 245 aa  208  7e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  49.55 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  53.59 
 
 		 253 aa  199  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 244 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 215 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 227 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  42.51 
 
 		 234 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  46.38 
 
 		 218 aa  150  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  42.79 
 
 		 259 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 233 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  38.28 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  36.13 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 230 aa  129  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 215 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 204 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  34.93 
 
 		 240 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 258 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  34.93 
 
 		 238 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 244 aa  98.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 216 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 226 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 226 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 226 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 226 aa  92  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 234 aa  91.3  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  28.42 
 
 		 215 aa  90.9  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 235 aa  89.4  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 216 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 235 aa  88.6  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 231 aa  88.6  8e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 236 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 229 aa  87  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  35.06 
 
 		 219 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 221 aa  86.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14130  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 229 aa  87  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.377103  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 239 aa  86.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 248 aa  85.9  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  37.59 
 
 		 221 aa  85.5  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 251 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 222 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  36.65 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6383  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.910943 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3621  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2897  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  41.26 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  36.3 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  30.98 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0217  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0238  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0670401  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 248 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  29.44 
 
 		 249 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  36.91 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 255 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>