More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5216 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 234 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 233 aa  149  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  42.51 
 
 		 250 aa  148  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 241 aa  141  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 227 aa  136  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  40.54 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  40.2 
 
 		 218 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 253 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 215 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 250 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 244 aa  119  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  37.11 
 
 		 204 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  34.29 
 
 		 247 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  36.08 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 216 aa  95.9  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 217 aa  94  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 251 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  27.4 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  31.95 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  25.54 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 218 aa  72  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  27.37 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  32.96 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  27.03 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  29.28 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 229 aa  67  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  28.38 
 
 		 238 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  25.99 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3756  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.69 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  37.6 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  24.35 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14130  transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.377103  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  29.41 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  30.67 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0394  transcriptional regulator, GntR family  27.46 
 
 		 250 aa  65.1  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.143272  normal  0.145673 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  25.57 
 
 		 248 aa  65.1  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.13 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  32.61 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>