More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1190 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
219 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  62.5 
 
 
222 aa  262  4e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.39 
 
 
221 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.39 
 
 
221 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.39 
 
 
221 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.39 
 
 
221 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.39 
 
 
221 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.91 
 
 
221 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.91 
 
 
221 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.66 
 
 
221 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  47.66 
 
 
221 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.66 
 
 
221 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.66 
 
 
221 aa  180  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.2 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  47.2 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
239 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
237 aa  121  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  36.71 
 
 
227 aa  117  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  37.16 
 
 
234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
239 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
251 aa  112  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
224 aa  112  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  35.94 
 
 
238 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
244 aa  111  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  35.6 
 
 
244 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  36.1 
 
 
237 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 
234 aa  108  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  37.19 
 
 
221 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
234 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1721  transcriptional regulator, GntR family protein  64.37 
 
 
97 aa  106  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  33.5 
 
 
226 aa  104  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
248 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
249 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
217 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
266 aa  102  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  35.9 
 
 
215 aa  102  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
226 aa  102  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
243 aa  99.4  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
236 aa  96.3  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
227 aa  94.4  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  35.18 
 
 
218 aa  94.4  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  29.73 
 
 
240 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 
215 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 
238 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
225 aa  91.7  9e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
236 aa  90.5  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 
227 aa  89.7  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
238 aa  89.4  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
280 aa  89  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
245 aa  88.2  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
236 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  33.51 
 
 
224 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
238 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
238 aa  87.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
236 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
236 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
237 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
221 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 
228 aa  85.5  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
236 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.89 
 
 
226 aa  82.4  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
236 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
236 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
230 aa  81.6  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 
248 aa  81.6  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
223 aa  80.9  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 
221 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0394  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 
250 aa  80.1  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.143272  normal  0.145673 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
230 aa  79.3  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
235 aa  79  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
245 aa  79  0.00000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
262 aa  78.2  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 
231 aa  78.2  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  32.07 
 
 
221 aa  77.4  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
222 aa  76.6  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  28.9 
 
 
218 aa  75.9  0.0000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
231 aa  75.9  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
246 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31590  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 
244 aa  75.1  0.0000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
223 aa  75.1  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
228 aa  73.6  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
244 aa  73.9  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
224 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
227 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 
216 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
230 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
222 aa  73.2  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
227 aa  72.8  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
218 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  27.37 
 
 
216 aa  72  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  26.13 
 
 
248 aa  72  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>