More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1653 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  72.93 
 
 		 243 aa  323  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  71.05 
 
 		 233 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  44.08 
 
 		 262 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 254 aa  158  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 267 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 230 aa  102  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  38.41 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 396 aa  99.4  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 229 aa  98.2  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 223 aa  96.7  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 241 aa  95.1  8e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 229 aa  95.1  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 219 aa  95.1  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  28.49 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.27 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 219 aa  94  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 237 aa  92.8  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  31.7 
 
 		 234 aa  92.4  6e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1711  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 226 aa  92  7e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.968918  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 232 aa  92  8e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  39.13 
 
 		 269 aa  91.7  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1449  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 		 220 aa  91.3  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 258 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 221 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  34.92 
 
 		 233 aa  89.7  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 233 aa  89.4  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 231 aa  89  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 233 aa  89  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 241 aa  88.6  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  38.67 
 
 		 233 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2226  transcriptional regulator, GntR family  33.52 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 232 aa  87.8  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 256 aa  87  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 229 aa  86.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 262 aa  86.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 262 aa  86.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 249 aa  86.3  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 232 aa  86.3  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 231 aa  86.3  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 235 aa  86.3  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 212 aa  86.3  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 211 aa  85.9  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 219 aa  85.9  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 218 aa  85.5  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 273 aa  85.9  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 211 aa  85.5  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 238 aa  85.5  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 222 aa  85.5  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 232 aa  85.5  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 253 aa  85.5  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4314  transcriptional regulator, GntR family  37.23 
 
 		 243 aa  85.5  7e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.948957 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 225 aa  85.5  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 230 aa  85.1  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 244 aa  85.1  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2945  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 233 aa  85.1  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000364354  hitchhiker  0.000119928 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.31 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3959  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.426708  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4045  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56731  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.5 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  32.73 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  32.81 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1708  transcriptional regulator, GntR family  35.39 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.243048 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.65 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>