More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6280 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 233 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 228 aa  189  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 202 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1443  transcriptional regulator, GntR family  46.33 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  41.74 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 222 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6785  GntR family transcriptional regulator  48.02 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  33.19 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 241 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 232 aa  102  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 233 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 232 aa  99.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 229 aa  98.6  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 		 239 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0216  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 290 aa  96.7  3e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.183078  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 241 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0336  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 242 aa  95.9  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 219 aa  95.1  9e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 227 aa  94  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 228 aa  94  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 226 aa  92.4  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 224 aa  92.4  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1439  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 238 aa  92.4  6e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  37.75 
 
 		 229 aa  92  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 211 aa  92  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 230 aa  92  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 262 aa  91.7  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  35.59 
 
 		 218 aa  91.3  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  91.3  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 251 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  38.69 
 
 		 269 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 223 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 237 aa  91.7  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 243 aa  90.9  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 260 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 227 aa  90.5  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 290 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  33.86 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 238 aa  89.7  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  37.93 
 
 		 219 aa  89.4  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 244 aa  89  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 235 aa  89.4  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 233 aa  89  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  35.05 
 
 		 225 aa  89  6e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 255 aa  89  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 		 240 aa  89  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5951  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 233 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0388156 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 249 aa  88.6  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  32.47 
 
 		 224 aa  88.6  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 226 aa  88.6  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 235 aa  88.2  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 233 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0530  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 220 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710712  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 262 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 262 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 258 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 240 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 229 aa  87  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 242 aa  87  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 		 233 aa  86.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 251 aa  86.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.8 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0185  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 222 aa  86.3  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.27943  normal  0.15963 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.98 
 
 		 215 aa  86.3  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 217 aa  85.9  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 228 aa  85.9  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.8 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 219 aa  85.9  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 226 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4198  GntR domain protein  31.03 
 
 		 212 aa  85.9  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.241008  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3337  transcriptional regulator, GntR family  36.23 
 
 		 246 aa  85.5  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0218222  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.8 
 
 		 231 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 227 aa  85.5  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>