More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0276 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 254 aa  511  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  72.69 
 
 		 247 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  57.87 
 
 		 240 aa  261  6e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 255 aa  258  7e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  60 
 
 		 239 aa  248  5e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  58.6 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  57.21 
 
 		 262 aa  240  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  57.55 
 
 		 262 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  54.13 
 
 		 246 aa  230  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  52.27 
 
 		 228 aa  224  9e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 252 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  50.93 
 
 		 233 aa  218  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  50.91 
 
 		 228 aa  217  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  51.39 
 
 		 252 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  48.52 
 
 		 266 aa  214  8e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  36.65 
 
 		 238 aa  142  5e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 		 223 aa  115  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  37.91 
 
 		 223 aa  113  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 232 aa  113  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  37.79 
 
 		 236 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16960  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.916885 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 202 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 233 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 233 aa  99.4  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 222 aa  98.2  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  29.78 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 219 aa  93.6  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1443  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 234 aa  92  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 228 aa  92  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 227 aa  92  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 254 aa  91.7  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  31.65 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  31.72 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 220 aa  89.4  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 227 aa  89  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 222 aa  88.6  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6785  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 234 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  30.04 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 237 aa  88.2  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 221 aa  87.8  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  30.51 
 
 		 218 aa  87  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  27.86 
 
 		 214 aa  85.9  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 244 aa  85.9  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 266 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 219 aa  85.5  7e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 219 aa  85.5  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 219 aa  85.5  8e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  32.5 
 
 		 205 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3952  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.942603  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  30.04 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  28.64 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1235  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.724458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 250 aa  82  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 235 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 396 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  27.87 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>