More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5841 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 225 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  38.43 
 
 		 242 aa  131  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 261 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  37.21 
 
 		 234 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  34.85 
 
 		 229 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  34.7 
 
 		 257 aa  121  8e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  34.68 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  33.94 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 240 aa  116  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  31.02 
 
 		 231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  34.88 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  30.84 
 
 		 277 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  29.77 
 
 		 232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  34.88 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 234 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 232 aa  104  9e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  26.51 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 264 aa  103  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.05 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  28.05 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  27.6 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  24.54 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  99.4  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 228 aa  98.2  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  29.46 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 284 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  26.61 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 228 aa  95.5  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 244 aa  95.1  8e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 238 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 243 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 235 aa  93.2  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 245 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  34.96 
 
 		 236 aa  90.9  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 233 aa  89.4  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 238 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 238 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 265 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 238 aa  88.2  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  25.69 
 
 		 234 aa  88.2  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 228 aa  85.1  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  29.85 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 240 aa  81.6  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2825  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0997376 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  28.08 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 232 aa  78.2  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>