More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3844 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 260 aa  523  1e-148  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  54.25 
 
 		 229 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  35.85 
 
 		 227 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 223 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 265 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 267 aa  95.1  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 242 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  29.39 
 
 		 232 aa  95.1  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 218 aa  95.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 227 aa  94  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0200  transcriptional regulator, GntR family  38.3 
 
 		 246 aa  93.6  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 229 aa  92.8  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 229 aa  92.8  5e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 221 aa  92.4  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  92  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 231 aa  92  9e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 229 aa  91.7  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 221 aa  91.3  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 216 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 290 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 		 216 aa  89.4  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 234 aa  89.4  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 242 aa  89  8e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 219 aa  89  8e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 228 aa  88.6  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.43 
 
 		 228 aa  87.8  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3794  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 		 261 aa  87.4  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.436096  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 		 237 aa  87.8  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  35.2 
 
 		 217 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 230 aa  87  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 235 aa  86.3  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 227 aa  86.7  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 228 aa  86.7  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 235 aa  85.9  6e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 216 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 235 aa  85.9  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 235 aa  85.9  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 227 aa  85.5  7e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  35.12 
 
 		 230 aa  85.9  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  37.88 
 
 		 232 aa  85.9  7e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  26.99 
 
 		 231 aa  85.5  8e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 227 aa  85.5  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 223 aa  85.5  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 238 aa  85.5  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 235 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 258 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2156  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.695514  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 230 aa  85.1  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 235 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1988  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 221 aa  85.1  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0497005  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 		 229 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5951  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0388156 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2226  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4842  transcriptional regulator, GntR family  34.7 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283505  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3426  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100034 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2921  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.277929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2660  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 236 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 217 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>