More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1235 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1235  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  447  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.724458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3952  GntR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.942603  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  44.95 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  44.39 
 
 		 205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3216  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 217 aa  145  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0185552  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0735  transcriptional regulator, GntR family  40.19 
 
 		 228 aa  141  6e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000113476  decreased coverage  0.0012324 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0185  transcriptional regulator, GntR family  40.62 
 
 		 222 aa  138  7e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.27943  normal  0.15963 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2825  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0997376 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3274  hypothetical protein  38.83 
 
 		 187 aa  108  5e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00273184  normal  0.0615385 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  95.1  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 223 aa  90.9  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 246 aa  89.7  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 219 aa  89.4  4e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 245 aa  89  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 252 aa  88.6  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 238 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 230 aa  85.5  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  32.74 
 
 		 259 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 236 aa  85.5  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 233 aa  85.1  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 233 aa  85.1  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 233 aa  85.1  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  33.02 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  28.78 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0103  transcriptional regulator, GntR family  30.93 
 
 		 221 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  29.21 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4836  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.035326 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 233 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 239 aa  78.2  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 244 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  28.12 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3141  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1988  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0497005  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  24.87 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  30.1 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  27.27 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  28.04 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6266  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 244 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0316911  normal  0.300787 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 246 aa  75.1  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1052  GntR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 248 aa  75.1  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0904043 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 		 243 aa  75.1  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 254 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1934  transcriptional regulator, GntR family  27.86 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0424955 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  28.16 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 216 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  28.35 
 
 		 266 aa  73.6  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  25.67 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  32.95 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  27.86 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.968354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>