More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1819 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
222 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  81.65 
 
 
218 aa  370  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  77.17 
 
 
220 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  83.89 
 
 
214 aa  368  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  77.88 
 
 
220 aa  363  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  76.71 
 
 
222 aa  358  3e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  75.34 
 
 
220 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  74.42 
 
 
220 aa  342  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  59.07 
 
 
239 aa  266  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  58.49 
 
 
232 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  51.4 
 
 
234 aa  214  7e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  54.33 
 
 
232 aa  210  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  48.6 
 
 
230 aa  208  7e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  52.86 
 
 
240 aa  207  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  52.36 
 
 
240 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  53.4 
 
 
241 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  53.4 
 
 
239 aa  205  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  53.4 
 
 
240 aa  205  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  48.13 
 
 
231 aa  204  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  52.43 
 
 
234 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  51.94 
 
 
240 aa  202  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
238 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
238 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
238 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  50.76 
 
 
235 aa  198  6e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  49.03 
 
 
253 aa  197  9e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  49.05 
 
 
237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  48.1 
 
 
226 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  51.18 
 
 
239 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
255 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
255 aa  188  7e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  45.7 
 
 
258 aa  188  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
255 aa  187  8e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
255 aa  187  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  51.49 
 
 
237 aa  186  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  45.62 
 
 
238 aa  184  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  45.79 
 
 
256 aa  184  8e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
262 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
262 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 
241 aa  178  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  44.29 
 
 
233 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  46.5 
 
 
229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
234 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  42.06 
 
 
250 aa  145  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  41 
 
 
233 aa  143  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 
239 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  35.55 
 
 
231 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
229 aa  100  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  36.08 
 
 
223 aa  99.8  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
233 aa  99  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
232 aa  98.2  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  33.97 
 
 
231 aa  97.1  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
223 aa  95.9  5e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
225 aa  95.1  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
226 aa  94.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
218 aa  94  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
230 aa  94  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
239 aa  93.2  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
228 aa  92.4  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
230 aa  92.4  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
227 aa  92.4  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
226 aa  92  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 
229 aa  92  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
223 aa  91.7  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 
215 aa  90.9  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  33.17 
 
 
237 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  33.5 
 
 
214 aa  90.9  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
228 aa  90.1  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 
229 aa  89.7  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
235 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
230 aa  89.4  5e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 
239 aa  89  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
216 aa  89  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  32.07 
 
 
227 aa  88.6  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.55 
 
 
255 aa  88.2  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
235 aa  88.6  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  33.97 
 
 
225 aa  87.8  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
229 aa  87.4  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
229 aa  86.7  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
243 aa  86.3  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 
233 aa  86.3  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 
231 aa  86.7  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
230 aa  86.3  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 
217 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 
226 aa  85.5  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 
232 aa  85.5  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
251 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 
216 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 
228 aa  85.1  7e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.13 
 
 
239 aa  85.1  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
235 aa  85.1  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
231 aa  85.1  8e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
222 aa  84.7  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
218 aa  84.7  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
238 aa  84.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
223 aa  84.3  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 
209 aa  84.3  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
224 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>