More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_5953 on replicon NC_011366
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 224 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  94.17 
 
 		 224 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  75.23 
 
 		 247 aa  350  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  52.34 
 
 		 222 aa  237  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  50.47 
 
 		 222 aa  230  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 219 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  33.8 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  37.07 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  34.26 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 235 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 241 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 244 aa  116  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  35.33 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  112  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.7 
 
 		 226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  32.87 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  32.87 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  32.73 
 
 		 227 aa  108  5e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 260 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.69 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 246 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.5 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.5 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.56 
 
 		 266 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.17 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.17 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.17 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.17 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  30.1 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 262 aa  102  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.67 
 
 		 225 aa  101  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 245 aa  101  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 245 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 226 aa  100  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 251 aa  99  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 253 aa  92  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  25.94 
 
 		 225 aa  91.3  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 223 aa  88.2  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 220 aa  85.5  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  24.63 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  26.09 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  25 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  28.76 
 
 		 232 aa  72  0.000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 222 aa  72  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 242 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 209 aa  71.2  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  27.88 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  26.17 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 254 aa  68.9  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  26.92 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  27.49 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>