More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5719 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 238 aa  481  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  44.75 
 
 		 237 aa  177  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 244 aa  175  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  43.33 
 
 		 239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 236 aa  161  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 245 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  40.27 
 
 		 236 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 243 aa  155  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  41.63 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 246 aa  148  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 246 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  42.79 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  41.67 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 260 aa  145  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  39.42 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 235 aa  141  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  37.02 
 
 		 222 aa  141  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 222 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 241 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.36 
 
 		 231 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.53 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.32 
 
 		 266 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 247 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 220 aa  125  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.53 
 
 		 225 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.89 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.07 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.07 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.07 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.07 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  30.49 
 
 		 225 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 219 aa  118  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  34.17 
 
 		 234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  37.26 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  37.26 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  36.1 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.1 
 
 		 220 aa  113  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.1 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  35.1 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.1 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  35.1 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.1 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.1 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.1 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.1 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 253 aa  106  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  30.24 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  29.47 
 
 		 214 aa  102  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 216 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  32.51 
 
 		 226 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  29.52 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 268 aa  85.9  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 206 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  28.38 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  28.14 
 
 		 245 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5932  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733777  normal  0.0408892 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>