More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3217 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  100 
 
 		 220 aa  449  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  99.09 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  99.09 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  99.09 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.09 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.09 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.09 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.09 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.09 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  88.02 
 
 		 225 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  88.02 
 
 		 225 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  88.02 
 
 		 225 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  88.02 
 
 		 225 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  87.56 
 
 		 225 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.81 
 
 		 231 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.15 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.35 
 
 		 231 aa  257  8e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.88 
 
 		 266 aa  255  4e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 245 aa  132  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 219 aa  129  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 236 aa  128  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 235 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  37.13 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  38.07 
 
 		 236 aa  124  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  34.57 
 
 		 234 aa  122  6e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 227 aa  122  6e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 237 aa  122  6e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  35.1 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 224 aa  108  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  32.02 
 
 		 226 aa  105  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  32.55 
 
 		 246 aa  104  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  30.05 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 253 aa  102  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 242 aa  99  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 246 aa  98.6  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 262 aa  98.6  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 220 aa  98.2  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 246 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 247 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 		 245 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  32.68 
 
 		 214 aa  89  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  29.21 
 
 		 222 aa  89  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 209 aa  85.9  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 251 aa  85.1  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  28.79 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  29.22 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 217 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  28.51 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 245 aa  75.1  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.76 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  28.57 
 
 		 239 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 234 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  27.45 
 
 		 240 aa  72  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 232 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  26.87 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  26.87 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  29.8 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  27.45 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>