More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0978 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
234 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  44.7 
 
 
277 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  46.05 
 
 
248 aa  167  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  41.86 
 
 
228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  41.4 
 
 
228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
239 aa  161  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  41.4 
 
 
228 aa  158  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
227 aa  157  9e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  42.5 
 
 
228 aa  153  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
228 aa  152  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  42.99 
 
 
226 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.722709 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.32 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  38.32 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  38.32 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  38.32 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  37.85 
 
 
228 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
228 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  44.22 
 
 
228 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
228 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  44.22 
 
 
228 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
228 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
230 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
224 aa  145  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
265 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  38.28 
 
 
230 aa  142  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  39.13 
 
 
231 aa  140  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  42.51 
 
 
241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  36.32 
 
 
229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  40.84 
 
 
229 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
261 aa  132  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  33.49 
 
 
234 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
228 aa  128  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 
234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  40.64 
 
 
237 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
255 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  39.81 
 
 
231 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
227 aa  123  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  40.61 
 
 
242 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  39.13 
 
 
240 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 
234 aa  122  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
225 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
241 aa  119  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  40.11 
 
 
238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  38.58 
 
 
257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  40.11 
 
 
238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  38.53 
 
 
265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 
238 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 
234 aa  116  3e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
222 aa  115  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 
227 aa  115  7.999999999999999e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  38.16 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
234 aa  112  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 
231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
232 aa  108  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 
232 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
244 aa  106  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 
239 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 
239 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  42.01 
 
 
236 aa  104  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 
230 aa  101  1e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
241 aa  99.4  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
257 aa  99  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  26.64 
 
 
225 aa  97.8  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  36.7 
 
 
238 aa  95.5  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 
225 aa  94.7  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 
219 aa  92  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
229 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 
238 aa  90.5  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  33.94 
 
 
237 aa  89  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
264 aa  89  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0843233  normal  0.231576 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
253 aa  88.2  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4702  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
230 aa  87  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
216 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
227 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2549  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 
203 aa  86.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000803432  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
234 aa  85.5  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
230 aa  85.5  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
214 aa  85.1  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 
232 aa  84.3  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
241 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
241 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
256 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
241 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
241 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
212 aa  83.2  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>