More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5085 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 246 aa  501  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 236 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  39.7 
 
 		 237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 238 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 247 aa  145  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 245 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  39.44 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  39.09 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  37.38 
 
 		 230 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  39.35 
 
 		 249 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 219 aa  126  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  39.35 
 
 		 249 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 251 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  37.06 
 
 		 245 aa  121  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 235 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.5 
 
 		 231 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 222 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.31 
 
 		 226 aa  112  8.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.5 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.5 
 
 		 231 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  36.32 
 
 		 234 aa  108  6e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.55 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.58 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.58 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.58 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.58 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.08 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.08 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  32.08 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.08 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.08 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.08 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.08 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.1 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  33.95 
 
 		 226 aa  99.8  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  31.55 
 
 		 235 aa  97.8  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 219 aa  94.7  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 243 aa  94  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 222 aa  92  8e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 223 aa  88.6  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 215 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 215 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  28.28 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  28.72 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  28.24 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  27 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  33.54 
 
 		 244 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 206 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  28.7 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  27.09 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>