More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2702 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 219 aa  454  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  58.72 
 
 		 225 aa  263  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  50 
 
 		 214 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.02 
 
 		 226 aa  128  7.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.69 
 
 		 231 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.17 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.69 
 
 		 266 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  33.97 
 
 		 238 aa  118  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 219 aa  115  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.63 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.63 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.63 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.63 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.63 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 260 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.88 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.88 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  30.88 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.88 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.88 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.88 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.88 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.88 
 
 		 220 aa  108  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 241 aa  101  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 244 aa  101  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 235 aa  99.4  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 245 aa  97.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 237 aa  96.7  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 262 aa  96.7  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 236 aa  96.3  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  31.07 
 
 		 246 aa  94.7  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  29.72 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 230 aa  92  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 253 aa  90.1  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 226 aa  89.4  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 245 aa  89.4  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 247 aa  89  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 240 aa  87.4  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.73 
 
 		 224 aa  86.7  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  26.6 
 
 		 223 aa  85.9  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 249 aa  84.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 249 aa  84.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  26.07 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  27.96 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  29.13 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  25.58 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 251 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  26.09 
 
 		 224 aa  81.6  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 233 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 235 aa  78.2  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  29.03 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  24.51 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  24.51 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  26.99 
 
 		 219 aa  72  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 245 aa  72  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 225 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 265 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>