More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00828 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  462  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  69.27 
 
 		 214 aa  297  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  58.72 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.85 
 
 		 231 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.85 
 
 		 266 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.85 
 
 		 231 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 237 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 219 aa  111  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 235 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 220 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 243 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  29.22 
 
 		 226 aa  108  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.77 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.77 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.77 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.77 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.77 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.54 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  30.54 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.54 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.54 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.54 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.54 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.54 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 241 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.05 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  31.56 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 245 aa  99.4  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 241 aa  97.8  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 226 aa  97.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 262 aa  93.6  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 253 aa  92.4  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 219 aa  92  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  25.94 
 
 		 224 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  25.94 
 
 		 224 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  27.45 
 
 		 230 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 222 aa  88.2  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  28.84 
 
 		 234 aa  86.3  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 		 222 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 		 219 aa  85.5  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  27.67 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  28.95 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  28.95 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  28.72 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  26.15 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  28.63 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  29.77 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  24.77 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 242 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  25.26 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  25.23 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  26.37 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  27.49 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 233 aa  72  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 215 aa  72  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 246 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 245 aa  71.2  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  24.2 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  24.04 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>