More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3096 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  100 
 
 		 225 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.11 
 
 		 225 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.11 
 
 		 225 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.11 
 
 		 225 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  99.11 
 
 		 225 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  87.56 
 
 		 220 aa  391  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  87.1 
 
 		 220 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  87.1 
 
 		 220 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  87.1 
 
 		 220 aa  389  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  87.1 
 
 		 220 aa  389  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  87.1 
 
 		 220 aa  389  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  87.1 
 
 		 220 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  87.1 
 
 		 220 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  87.1 
 
 		 220 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.82 
 
 		 231 aa  262  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.72 
 
 		 231 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.9 
 
 		 266 aa  257  9e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.82 
 
 		 226 aa  254  9e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 245 aa  134  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  37.75 
 
 		 236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 260 aa  129  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  37.38 
 
 		 227 aa  128  9.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  34.06 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 255 aa  126  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  36.53 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  33.63 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 219 aa  122  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  34.04 
 
 		 234 aa  120  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 235 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 243 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  28.77 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  36.56 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  36.56 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 253 aa  106  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  30.1 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  32.49 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  101  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 224 aa  101  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 220 aa  99.8  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 219 aa  99.4  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 223 aa  99  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  27.83 
 
 		 230 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 222 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 247 aa  94.7  9e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  32.03 
 
 		 214 aa  92  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  31.9 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 222 aa  88.6  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  32 
 
 		 239 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.83 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  31 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 217 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  31 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  29 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  28.79 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  28.5 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 256 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 251 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 224 aa  72  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  28.84 
 
 		 251 aa  71.6  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  26.92 
 
 		 238 aa  71.6  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>