More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_0204 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  521  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 247 aa  278  8e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 253 aa  212  3.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  56.6 
 
 		 249 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  56.6 
 
 		 249 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  55.24 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  49.52 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 235 aa  181  9.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  44.71 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 219 aa  138  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  39.17 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  39.82 
 
 		 230 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 236 aa  125  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 245 aa  125  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 245 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  36.72 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  38.07 
 
 		 227 aa  112  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 243 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 246 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 		 224 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  37.67 
 
 		 236 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 255 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.8 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.8 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.8 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.8 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.8 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 224 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  28.98 
 
 		 235 aa  99.4  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 235 aa  98.6  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.83 
 
 		 220 aa  98.6  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.32 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  32.32 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.32 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.32 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 219 aa  96.7  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  32.32 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.32 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.32 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.32 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  35.55 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  32.19 
 
 		 222 aa  95.9  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  30.95 
 
 		 225 aa  93.6  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.84 
 
 		 231 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.54 
 
 		 266 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.54 
 
 		 231 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 229 aa  85.9  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  30.65 
 
 		 214 aa  82.4  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  29.02 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 264 aa  72  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 221 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  32.74 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 257 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  24.87 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  28.22 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 226 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 225 aa  68.6  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 218 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>