More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8640 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 230 aa  467  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  72.12 
 
 		 245 aa  322  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  41.63 
 
 		 238 aa  152  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 260 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 243 aa  141  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 241 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  40.49 
 
 		 237 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 245 aa  138  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 219 aa  134  9e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  37.38 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 246 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 244 aa  128  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 262 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  36.71 
 
 		 239 aa  128  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  39.17 
 
 		 226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 		 227 aa  125  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  38.21 
 
 		 236 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  30.81 
 
 		 235 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  38.05 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  37.86 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 253 aa  119  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 247 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 247 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 245 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 255 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 224 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.65 
 
 		 226 aa  109  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.96 
 
 		 231 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.96 
 
 		 266 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.46 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 235 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  31.31 
 
 		 234 aa  105  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.26 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.26 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.26 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.26 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.26 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.26 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  30.26 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  29.74 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.93 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.93 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.93 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  28.93 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  27.83 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 245 aa  95.5  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 229 aa  92.8  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 219 aa  92  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 235 aa  92  8e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 220 aa  90.1  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  27.45 
 
 		 225 aa  90.1  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 232 aa  89  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  31.92 
 
 		 224 aa  89  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 232 aa  86.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 230 aa  85.1  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 222 aa  85.1  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  31.68 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 206 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 222 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  32.13 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  32.13 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 240 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 242 aa  80.1  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  31.22 
 
 		 240 aa  80.1  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  31.39 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  31.39 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  31.25 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 232 aa  78.2  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>