More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0224 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1247  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.36 
 
 
743 aa  637    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000127914 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0224  ATP-dependent helicase  100 
 
 
723 aa  1464    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0685965  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1167  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.04 
 
 
744 aa  634  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.47 
 
 
783 aa  628  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.25 
 
 
738 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0189  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.42 
 
 
734 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.583958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28840  putative helicase  47.55 
 
 
736 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474734  decreased coverage  0.00000000117417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4429  DEAD/DEAH box helicase  45.78 
 
 
740 aa  594  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306961  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0141  DEAD/DEAH box helicase  46.84 
 
 
743 aa  588  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2543  DEAD/DEAH box helicase  43.86 
 
 
751 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5141  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.01 
 
 
740 aa  561  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.268323  normal  0.0636547 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5414  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.03 
 
 
755 aa  556  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0326  ATP-dependent helicase  43.63 
 
 
734 aa  552  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2002  DEAD/DEAH box helicase-like  43.74 
 
 
746 aa  535  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.118676  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4978  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.04 
 
 
739 aa  513  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0061  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.51 
 
 
736 aa  503  1e-141  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1076  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.98 
 
 
725 aa  467  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0763366  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3658  DEAD/DEAH box helicase-like  35.43 
 
 
722 aa  389  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.45 
 
 
741 aa  389  1e-106  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1556  Lhr-like helicase  35.39 
 
 
740 aa  382  1e-104  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1523  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.71 
 
 
711 aa  378  1e-103  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.723855  hitchhiker  0.0000000000000155978 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2227  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.26 
 
 
710 aa  353  4e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2070  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.48 
 
 
708 aa  320  7.999999999999999e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4172  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.86 
 
 
716 aa  311  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0175676 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1220  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.11 
 
 
696 aa  286  9e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0444234  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1160  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.47 
 
 
701 aa  246  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0604  3'-5' exonuclease  30.84 
 
 
925 aa  244  3e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1238  3'-5' exonuclease  31.32 
 
 
925 aa  244  3.9999999999999997e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.138795  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3077  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.46 
 
 
706 aa  241  4e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.711638  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.89 
 
 
711 aa  217  5.9999999999999996e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  hitchhiker  0.000000452648 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0589  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.17 
 
 
716 aa  209  2e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.625095 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0761  hypothetical protein  29.79 
 
 
710 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.417145 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4277  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.89 
 
 
675 aa  198  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1494  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.58 
 
 
694 aa  195  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3199  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.21 
 
 
696 aa  195  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.120819  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0712  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  30.84 
 
 
711 aa  190  5.999999999999999e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2425  DEAD/H associated domain protein  29.74 
 
 
939 aa  189  1e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0750378  normal  0.0387243 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2425  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.24 
 
 
698 aa  188  3e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0549  DEAD/H associated domain protein  29.2 
 
 
943 aa  186  2.0000000000000003e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0909316  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0265  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.4 
 
 
972 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05250  Lhr-like helicase  31.7 
 
 
702 aa  184  7e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.592976  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0952  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.97 
 
 
916 aa  182  1e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.111516 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1750  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.94 
 
 
931 aa  183  1e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00374519  normal  0.037221 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.83 
 
 
928 aa  180  7e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.877561  hitchhiker  0.00000000000300252 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1879  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.51 
 
 
970 aa  180  8e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.149039  normal  0.0231063 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7838  Lhr-like helicase  31.75 
 
 
694 aa  179  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.02 
 
 
890 aa  176  1.9999999999999998e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.89 
 
 
926 aa  174  3.9999999999999995e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.477622  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1333  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.97 
 
 
912 aa  174  5.999999999999999e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.20041  normal  0.364429 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1058  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.85 
 
 
916 aa  174  6.999999999999999e-42  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.164302 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1670  ATP-dependent RNA helicase  30.28 
 
 
955 aa  172  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0618  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.85 
 
 
927 aa  172  1e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000000220197 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.56 
 
 
913 aa  172  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.403606 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1372  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.97 
 
 
913 aa  169  1e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.828132  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3388  DEAD/H associated domain protein  30 
 
 
954 aa  169  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0732  DEAD/DEAH box helicase-like protein  27.97 
 
 
944 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0829  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.27 
 
 
915 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.468511 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1943  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.85 
 
 
933 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.546728  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5231  DEAD/H associated domain protein  29.17 
 
 
946 aa  166  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.62 
 
 
932 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.944003  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.41 
 
 
909 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.339653  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0594  DEAD/DEAH box helicase-like  29.93 
 
 
898 aa  163  8.000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.198586  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0511  hypothetical protein  28.72 
 
 
903 aa  162  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.51218 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1503  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.72 
 
 
937 aa  161  5e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220995  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.31 
 
 
905 aa  160  7e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.68416 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1693  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.17 
 
 
928 aa  159  2e-37  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000881072 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2957  DEAD/DEAH box helicase-like  33.81 
 
 
753 aa  158  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0630659  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1014  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.14 
 
 
946 aa  158  3e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1679  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.89 
 
 
903 aa  157  6e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1574  DEAD/H associated domain protein  31.19 
 
 
1379 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0708  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.78 
 
 
1381 aa  153  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0405562  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1119  DEAD/H associated domain protein  31.52 
 
 
807 aa  151  4e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.913802 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2100  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.59 
 
 
897 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  28.5 
 
 
806 aa  149  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2792  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.5 
 
 
801 aa  146  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.536438 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0658  ATP-dependent helicase  31.6 
 
 
799 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0986  DEAD/DEAH box helicase-like  30.75 
 
 
807 aa  144  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26181  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2311  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.28 
 
 
799 aa  143  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.266127  normal  0.172544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.74 
 
 
846 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.593625 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3525  ATP-dependent helicase  26.81 
 
 
813 aa  140  7e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.790259 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  26.96 
 
 
1480 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1756  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.51 
 
 
819 aa  139  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  28.45 
 
 
873 aa  139  2e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.79 
 
 
824 aa  139  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0579695 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0574  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.66 
 
 
799 aa  137  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1579  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.21 
 
 
1412 aa  135  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690161  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1496  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.02 
 
 
1534 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.377611  normal  0.775081 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3924  DEAD/H associated domain protein  27.46 
 
 
1535 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0453  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.52 
 
 
851 aa  132  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.293341  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6864  DEAD/H associated domain protein  29.38 
 
 
820 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4760  DEAD/H associated domain protein  28.18 
 
 
846 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0821998  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0197  DEAD/H associated domain protein  27.54 
 
 
1688 aa  130  9.000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000798352  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.65 
 
 
844 aa  129  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0824413 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00670  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  27.4 
 
 
868 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0816  DEAD/H associated domain protein  27.65 
 
 
1572 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3312  DEAD/DEAH box helicase-like  33.33 
 
 
804 aa  129  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1024  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.09 
 
 
833 aa  128  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1014  DEAD/H associated domain protein  30.98 
 
 
1493 aa  128  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4309  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.98 
 
 
816 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638833  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1352  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.29 
 
 
854 aa  127  7e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0456813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>