More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_05250 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013510  Tcur_1494  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.09 
 
 
694 aa  776    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05250  Lhr-like helicase  100 
 
 
702 aa  1400    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.592976  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0712  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  64.55 
 
 
711 aa  868    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7838  Lhr-like helicase  64.57 
 
 
694 aa  850    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3199  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.61 
 
 
696 aa  766    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.120819  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2957  DEAD/DEAH box helicase-like  51.52 
 
 
753 aa  602  1e-170  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0630659  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4277  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.02 
 
 
675 aa  541  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1160  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.47 
 
 
701 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3077  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.2 
 
 
706 aa  393  1e-108  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.711638  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1238  3'-5' exonuclease  38.21 
 
 
925 aa  389  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.138795  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0604  3'-5' exonuclease  38.08 
 
 
925 aa  389  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.93 
 
 
711 aa  352  2e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  hitchhiker  0.000000452648 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0761  hypothetical protein  31.94 
 
 
710 aa  296  6e-79  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.417145 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2425  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.75 
 
 
698 aa  291  2e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0589  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.93 
 
 
716 aa  290  4e-77  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.625095 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3658  DEAD/DEAH box helicase-like  32.79 
 
 
722 aa  264  4.999999999999999e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2070  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.69 
 
 
708 aa  263  6e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2227  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.38 
 
 
710 aa  259  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.79 
 
 
741 aa  249  1e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4172  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.89 
 
 
716 aa  238  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0175676 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1523  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.23 
 
 
711 aa  236  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.723855  hitchhiker  0.0000000000000155978 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1247  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.18 
 
 
743 aa  230  7e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000127914 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0549  DEAD/H associated domain protein  32.01 
 
 
943 aa  230  7e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0909316  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0189  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.38 
 
 
734 aa  226  9e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.583958  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2543  DEAD/DEAH box helicase  30.27 
 
 
751 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1750  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.2 
 
 
931 aa  226  1e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00374519  normal  0.037221 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4978  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.35 
 
 
739 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.65 
 
 
738 aa  225  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1556  Lhr-like helicase  29.8 
 
 
740 aa  225  3e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1220  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.04 
 
 
696 aa  225  3e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0444234  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0594  DEAD/DEAH box helicase-like  31.99 
 
 
898 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.198586  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0511  hypothetical protein  30.86 
 
 
903 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.51218 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.64 
 
 
783 aa  220  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.34 
 
 
932 aa  220  6e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.944003  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1670  ATP-dependent RNA helicase  27.68 
 
 
955 aa  220  7.999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4429  DEAD/DEAH box helicase  30.43 
 
 
740 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306961  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.57 
 
 
890 aa  219  1e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1167  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
744 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28840  putative helicase  29.74 
 
 
736 aa  218  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474734  decreased coverage  0.00000000117417 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0326  ATP-dependent helicase  30.48 
 
 
734 aa  218  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2100  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.68 
 
 
897 aa  217  8e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1058  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.19 
 
 
916 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.164302 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1076  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.09 
 
 
725 aa  211  2e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0763366  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.51 
 
 
928 aa  211  5e-53  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.877561  hitchhiker  0.00000000000300252 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0224  ATP-dependent helicase  31.88 
 
 
723 aa  209  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0685965  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.13 
 
 
909 aa  207  7e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.339653  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0265  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.59 
 
 
972 aa  205  3e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2002  DEAD/DEAH box helicase-like  28.91 
 
 
746 aa  204  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.118676  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1679  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.05 
 
 
903 aa  204  5e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.97 
 
 
913 aa  204  6e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.403606 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0732  DEAD/DEAH box helicase-like protein  29.53 
 
 
944 aa  204  6e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0061  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  30.91 
 
 
736 aa  203  9e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1693  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.48 
 
 
928 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000881072 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1503  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.4 
 
 
937 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220995  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1943  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.06 
 
 
933 aa  200  6e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.546728  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1579  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.04 
 
 
1412 aa  200  6e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690161  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2425  DEAD/H associated domain protein  31.89 
 
 
939 aa  200  7e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0750378  normal  0.0387243 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0141  DEAD/DEAH box helicase  30.81 
 
 
743 aa  200  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1879  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.63 
 
 
970 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.149039  normal  0.0231063 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5414  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.83 
 
 
755 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0952  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.52 
 
 
916 aa  198  3e-49  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.111516 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.03 
 
 
905 aa  197  5.000000000000001e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.68416 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1014  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.35 
 
 
946 aa  196  2e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1352  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.25 
 
 
854 aa  194  5e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0456813  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5141  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.59 
 
 
740 aa  193  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.268323  normal  0.0636547 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.44 
 
 
1514 aa  193  9e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0582362  normal  0.286828 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.81 
 
 
1517 aa  192  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0712014 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3388  DEAD/H associated domain protein  30.04 
 
 
954 aa  191  2.9999999999999997e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1333  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.32 
 
 
912 aa  191  4e-47  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.20041  normal  0.364429 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1267  DEAD/H associated  31.52 
 
 
1523 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.52 
 
 
1523 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.148383 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0618  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.16 
 
 
927 aa  187  5e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000000220197 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1293  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.99 
 
 
1523 aa  187  6e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.193705 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5231  DEAD/H associated domain protein  28.93 
 
 
946 aa  184  7e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.53 
 
 
926 aa  181  2.9999999999999997e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.477622  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1014  DEAD/H associated domain protein  33.41 
 
 
1493 aa  181  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0829  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.86 
 
 
915 aa  180  5.999999999999999e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.468511 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0197  DEAD/H associated domain protein  30.05 
 
 
1688 aa  181  5.999999999999999e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000798352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21690  putative ATP-dependent DNA helicase  35.16 
 
 
1448 aa  177  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13325  ATP-dependent helicase lhr  31.08 
 
 
1513 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1372  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.28 
 
 
913 aa  176  9.999999999999999e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.828132  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0406  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.85 
 
 
1475 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354786  normal  0.0258746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1849  putative ATP-dependent DNA helicase  33.99 
 
 
1448 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.210225  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1496  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.49 
 
 
1534 aa  171  5e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.377611  normal  0.775081 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.83 
 
 
1429 aa  171  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5453  DEAD/H associated domain protein  32.31 
 
 
1504 aa  171  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397244  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
1476 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.5 
 
 
809 aa  169  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.347748  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5032  DEAD/DEAH box helicase-like  31.76 
 
 
1431 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.21227 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3770  DEAD/DEAH box helicase-like  31.12 
 
 
1435 aa  170  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.515383 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1061  DEAD/H associated domain protein  32.83 
 
 
1434 aa  169  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3982  DEAD/H associated domain protein  32.4 
 
 
1388 aa  169  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.347513  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1102  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
1426 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.484648 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1545  putative ATP-dependent helicase Lhr  31.8 
 
 
1538 aa  167  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.91893  normal  0.4804 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3924  DEAD/H associated domain protein  33.63 
 
 
1535 aa  167  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2329  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
1516 aa  167  5.9999999999999996e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1153  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.32 
 
 
1510 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.180513  normal  0.341943 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1865  putative ATP-dependent helicase Lhr  32.35 
 
 
1538 aa  167  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0115691  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1802  DEAD/H associated domain protein  33.33 
 
 
1544 aa  166  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0257988  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6550  DEAD/H associated domain protein  30 
 
 
1573 aa  166  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.851379  normal  0.30774 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>