More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2070 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4172  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.93 
 
 
716 aa  724    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0175676 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2070  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
708 aa  1467    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2227  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.17 
 
 
710 aa  625  1e-178  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1523  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.54 
 
 
711 aa  405  1e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.723855  hitchhiker  0.0000000000000155978 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1220  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.13 
 
 
696 aa  385  1e-105  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0444234  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2543  DEAD/DEAH box helicase  36.9 
 
 
751 aa  351  3e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0189  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.14 
 
 
734 aa  340  4e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.583958  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1076  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.01 
 
 
725 aa  335  2e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0763366  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1167  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.02 
 
 
744 aa  334  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1247  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.93 
 
 
743 aa  333  9e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000127914 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4978  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.63 
 
 
739 aa  328  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.59 
 
 
741 aa  327  4.0000000000000003e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5414  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32 
 
 
755 aa  326  8.000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3658  DEAD/DEAH box helicase-like  32.01 
 
 
722 aa  322  9.999999999999999e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4429  DEAD/DEAH box helicase  31.62 
 
 
740 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306961  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.7 
 
 
738 aa  320  5e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0224  ATP-dependent helicase  34.48 
 
 
723 aa  320  7.999999999999999e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0685965  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2002  DEAD/DEAH box helicase-like  35.86 
 
 
746 aa  319  1e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.118676  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1556  Lhr-like helicase  30.9 
 
 
740 aa  319  1e-85  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28840  putative helicase  33.83 
 
 
736 aa  317  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474734  decreased coverage  0.00000000117417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0141  DEAD/DEAH box helicase  31.6 
 
 
743 aa  317  6e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0061  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  31.43 
 
 
736 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.57 
 
 
783 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5141  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.89 
 
 
740 aa  299  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.268323  normal  0.0636547 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0326  ATP-dependent helicase  31.91 
 
 
734 aa  295  1e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.27 
 
 
711 aa  278  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  hitchhiker  0.000000452648 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3077  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.92 
 
 
706 aa  271  4e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.711638  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0604  3'-5' exonuclease  31.01 
 
 
925 aa  265  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1238  3'-5' exonuclease  30.68 
 
 
925 aa  261  3e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.138795  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2425  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.74 
 
 
698 aa  261  3e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4277  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.43 
 
 
675 aa  256  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1160  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.32 
 
 
701 aa  252  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05250  Lhr-like helicase  31.91 
 
 
702 aa  231  3e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.592976  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0589  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.47 
 
 
716 aa  231  4e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.625095 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0761  hypothetical protein  32.16 
 
 
710 aa  231  4e-59  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.417145 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0712  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  31.65 
 
 
711 aa  229  9e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7838  Lhr-like helicase  31.48 
 
 
694 aa  228  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1494  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30 
 
 
694 aa  218  4e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3199  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.08 
 
 
696 aa  217  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.120819  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1750  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.48 
 
 
931 aa  212  2e-53  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00374519  normal  0.037221 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2957  DEAD/DEAH box helicase-like  29.29 
 
 
753 aa  195  2e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0630659  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0952  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.15 
 
 
916 aa  195  3e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.111516 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0618  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.7 
 
 
927 aa  190  5.999999999999999e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000000220197 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0829  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.92 
 
 
915 aa  188  3e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.468511 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1058  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.86 
 
 
916 aa  188  3e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.164302 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1372  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.49 
 
 
913 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.828132  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1943  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.96 
 
 
933 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.546728  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.15 
 
 
905 aa  184  4.0000000000000006e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.68416 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1679  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.8 
 
 
903 aa  184  7e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.39 
 
 
932 aa  181  4e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.944003  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.52 
 
 
890 aa  180  7e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.77 
 
 
928 aa  180  9e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.877561  hitchhiker  0.00000000000300252 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2425  DEAD/H associated domain protein  27.77 
 
 
939 aa  179  2e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0750378  normal  0.0387243 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1496  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.6 
 
 
1534 aa  178  3e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.377611  normal  0.775081 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1693  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.88 
 
 
928 aa  177  8e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000881072 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5231  DEAD/H associated domain protein  27.55 
 
 
946 aa  177  8e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0594  DEAD/DEAH box helicase-like  29.11 
 
 
898 aa  177  8e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.198586  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.26 
 
 
926 aa  177  9e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.477622  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1670  ATP-dependent RNA helicase  28.23 
 
 
955 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1333  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.04 
 
 
912 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.20041  normal  0.364429 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0549  DEAD/H associated domain protein  27.33 
 
 
943 aa  175  1.9999999999999998e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0909316  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1503  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.83 
 
 
937 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220995  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.78 
 
 
913 aa  174  3.9999999999999995e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.403606 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2329  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.02 
 
 
1516 aa  174  6.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2100  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.76 
 
 
897 aa  173  9e-42  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.02 
 
 
1476 aa  173  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1879  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.64 
 
 
970 aa  171  6e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.149039  normal  0.0231063 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0816  DEAD/H associated domain protein  29.05 
 
 
1572 aa  170  9e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3924  DEAD/H associated domain protein  28.93 
 
 
1535 aa  167  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0384  DEAD/DEAH box helicase-like  28.67 
 
 
1531 aa  168  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224382 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13325  ATP-dependent helicase lhr  28.29 
 
 
1513 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.52 
 
 
909 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.339653  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  27.39 
 
 
1480 aa  164  4.0000000000000004e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3388  DEAD/H associated domain protein  27.59 
 
 
954 aa  164  4.0000000000000004e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4192  DEAD/H associated domain-containing protein  28.4 
 
 
1534 aa  164  6e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0456896 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3527  DEAD/DEAH box helicase-like  27.94 
 
 
1567 aa  163  9e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.917212  normal  0.0702055 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1352  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.77 
 
 
854 aa  163  1e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0456813  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0265  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.6 
 
 
972 aa  162  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.86 
 
 
1514 aa  162  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0582362  normal  0.286828 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0511  hypothetical protein  30.94 
 
 
903 aa  161  4e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.51218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5032  DEAD/DEAH box helicase-like  29 
 
 
1431 aa  160  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.21227 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1014  DEAD/H associated domain protein  29.26 
 
 
1493 aa  160  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1293  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.22 
 
 
1523 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.193705 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1119  DEAD/H associated domain protein  25.69 
 
 
807 aa  158  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.913802 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0658  ATP-dependent helicase  28.13 
 
 
799 aa  158  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1240  DEAD/H associated domain protein  27.67 
 
 
1632 aa  158  4e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2311  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.99 
 
 
799 aa  158  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.266127  normal  0.172544 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1267  DEAD/H associated  27.74 
 
 
1523 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.74 
 
 
1523 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.148383 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1024  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.97 
 
 
833 aa  157  7e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1802  DEAD/H associated domain protein  27.51 
 
 
1544 aa  156  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0257988  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1489  DEAD/H associated domain protein  27.29 
 
 
1584 aa  156  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.369551 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.8 
 
 
825 aa  156  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.313414  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1087  DEAD/H associated domain protein  28.57 
 
 
875 aa  155  2e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.414576  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6550  DEAD/H associated domain protein  27.24 
 
 
1573 aa  155  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.851379  normal  0.30774 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1014  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.28 
 
 
946 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0986  DEAD/DEAH box helicase-like  25.99 
 
 
807 aa  154  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26181  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1756  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.05 
 
 
819 aa  154  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.32 
 
 
1517 aa  154  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0712014 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02265  Helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  24.81 
 
 
820 aa  152  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>