More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1119 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3154  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.45 
 
 
836 aa  724    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0574  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.04 
 
 
799 aa  1188    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0372  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.51 
 
 
847 aa  728    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349627  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1188  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.12 
 
 
930 aa  661    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.558323  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0826  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.86 
 
 
851 aa  749    Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00406242  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0202  DEAD/H associated domain protein  48.91 
 
 
841 aa  770    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.295608  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0187  DEAD/DEAH box helicase  49.82 
 
 
835 aa  739    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0864531  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0802  putative ATP dependent DNA helicase  50.54 
 
 
951 aa  721    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0602568 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0658  ATP-dependent helicase  76.04 
 
 
799 aa  1215    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3350  DEAD/H associated domain protein  47.99 
 
 
834 aa  729    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1119  DEAD/H associated domain protein  100 
 
 
807 aa  1629    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.913802 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.99 
 
 
884 aa  780    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.178262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4613  DEAD/DEAH box helicase  45.74 
 
 
937 aa  732    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3312  DEAD/DEAH box helicase-like  50.88 
 
 
804 aa  770    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0986  DEAD/DEAH box helicase-like  71.88 
 
 
807 aa  1172    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26181  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0747  DEAD/DEAH box helicase-like  48.16 
 
 
905 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.5182 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0232  DEAD/H associated domain protein  49.21 
 
 
853 aa  778    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0797  DEAD/DEAH box helicase-like  49.14 
 
 
904 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.79097  normal  0.907891 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0240  DEAD/DEAH box helicase-like  48.57 
 
 
853 aa  743    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2792  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.31 
 
 
801 aa  779    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.536438 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0615  large atp-dependant helicase-related protein  49.88 
 
 
835 aa  756    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00670  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  43.46 
 
 
868 aa  676    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.76 
 
 
806 aa  723    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4760  DEAD/H associated domain protein  50.24 
 
 
846 aa  771    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0821998  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0029  DEAD/H associated  51.09 
 
 
839 aa  800    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0530  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.18 
 
 
849 aa  780    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.449477 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.53 
 
 
846 aa  770    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.593625 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0413  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.12 
 
 
811 aa  994    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0453  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.94 
 
 
851 aa  754    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.293341  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3478  DEAD/H associated domain protein  47.33 
 
 
836 aa  724    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0263  DEAD/H associated domain protein  50.73 
 
 
890 aa  756    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.37 
 
 
809 aa  729    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.347748  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.04 
 
 
824 aa  734    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0579695 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4042  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.92 
 
 
851 aa  745    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2311  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.91 
 
 
799 aa  1193    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.266127  normal  0.172544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0875  DEAD/H associated domain protein  46.15 
 
 
908 aa  731    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.888716  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.95 
 
 
851 aa  558  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.151632  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1853  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  37.72 
 
 
898 aa  419  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1024  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.38 
 
 
833 aa  412  1e-113  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01735  ATP-dependent helicase  36.8 
 
 
833 aa  412  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3880  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  36.28 
 
 
830 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.49 
 
 
844 aa  408  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0824413 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4141  helicase domain protein  35.8 
 
 
836 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3000  DEAD/H associated domain protein  35.13 
 
 
869 aa  405  1e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4858  DEAD/H associated domain protein  34.95 
 
 
952 aa  402  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1517  helicase  35.99 
 
 
825 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1205  DEAD/DEAH box helicase-like  34.77 
 
 
829 aa  392  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1143  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.79 
 
 
816 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329309  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.98 
 
 
817 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2194  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.86 
 
 
870 aa  389  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254587  decreased coverage  0.00486766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1103  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  34.42 
 
 
816 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4460  DEAD/H associated domain protein  34.78 
 
 
881 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185577  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0778  putative DEAD/DEAH box helicase  34.74 
 
 
882 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274764  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1039  DEAD/DEAH box helicase-like  31.7 
 
 
824 aa  380  1e-104  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0171221  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.2 
 
 
828 aa  379  1e-103  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0307  DEAD/H associated domain protein  34.71 
 
 
970 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.200628  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1756  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.85 
 
 
819 aa  373  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.7 
 
 
828 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0312  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.75 
 
 
970 aa  376  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0732  DEAD/DEAH box helicase-like  29.97 
 
 
828 aa  371  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0692265  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4309  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.26 
 
 
816 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638833  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1463  DEAD/DEAH box helicase-like  32.08 
 
 
831 aa  369  1e-100  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0838688 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2961  DEAD/H associated domain protein  35.32 
 
 
819 aa  368  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136531 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3332  DEAD/H associated domain protein  31.73 
 
 
823 aa  363  7.0000000000000005e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6751  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.13 
 
 
888 aa  362  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174842  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3045  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.06 
 
 
966 aa  356  8.999999999999999e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.279323  normal  0.639762 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3525  ATP-dependent helicase  29.41 
 
 
813 aa  355  1e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.790259 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6864  DEAD/H associated domain protein  32.09 
 
 
820 aa  355  2e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.9 
 
 
825 aa  353  8.999999999999999e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.313414  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.47 
 
 
1014 aa  350  6e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02265  Helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  29.99 
 
 
820 aa  349  1e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269973  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.9 
 
 
900 aa  338  2.9999999999999997e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0156392  normal  0.41345 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2563  DEAD/H associated domain protein  29.64 
 
 
840 aa  331  3e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0930  ATP-dependent helicase  31.72 
 
 
888 aa  314  4.999999999999999e-84  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.960036  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0197  DEAD/H associated domain protein  29.63 
 
 
1688 aa  295  2e-78  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000798352  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0444  ATP-dependent helicase  29.75 
 
 
874 aa  295  3e-78  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0392  ATP-dependent helicase  29.16 
 
 
874 aa  293  9e-78  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.447466 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1527  ATP-dependent helicase  29.63 
 
 
874 aa  292  1e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.983295  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  33.17 
 
 
1480 aa  286  8e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1130  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.9 
 
 
1626 aa  278  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00800963  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4416  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.39 
 
 
1480 aa  277  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600521  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0463  ATP-dependent helicase  27.05 
 
 
872 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0110872  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.41 
 
 
1505 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1744  putative ATP-dependent helicase lhr  38.32 
 
 
1599 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1829  ATP-dependent DNA helicase  38.32 
 
 
1598 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.850726  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1087  DEAD/H associated domain protein  28 
 
 
875 aa  273  9e-72  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.414576  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1332  putative ATP-dependent helicase lhr  38.32 
 
 
1598 aa  273  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.214802  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0993  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.32 
 
 
1598 aa  273  1e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0304  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.32 
 
 
1700 aa  273  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3591  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.04 
 
 
1508 aa  273  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.485917 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0375  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.32 
 
 
1598 aa  273  1e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.886751  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0264  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.32 
 
 
1598 aa  273  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1852  DEAD/DEAH box helicase  38.45 
 
 
1515 aa  272  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.183708 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3338  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.16 
 
 
1518 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2116  ATP-dependent helicase  30.31 
 
 
914 aa  269  1e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200911  normal  0.796736 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  28.34 
 
 
873 aa  269  1e-70  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1579  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.17 
 
 
1412 aa  266  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690161  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1153  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.88 
 
 
1510 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.180513  normal  0.341943 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.05 
 
 
1476 aa  264  4e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2870  DEAD/H associated domain protein  29.43 
 
 
922 aa  263  8.999999999999999e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>