More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1008 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1008  GntR domain-containing protein  100 
 
 
216 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19227  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0969  GntR family transcriptional regulator  97.22 
 
 
216 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0976  GntR domain-containing protein  95.37 
 
 
216 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4247  GntR domain-containing protein  89.81 
 
 
216 aa  390  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  67.61 
 
 
219 aa  298  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  51.67 
 
 
215 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  52.15 
 
 
215 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6865  GntR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
235 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1365  GntR domain-containing protein  43.46 
 
 
224 aa  148  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  41.9 
 
 
226 aa  144  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  39.25 
 
 
226 aa  138  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1707  GntR domain protein  40.29 
 
 
252 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  37.05 
 
 
229 aa  132  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1163  GntR domain protein  41.38 
 
 
230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1162  GntR domain protein  38.1 
 
 
231 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10075  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
225 aa  125  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 
226 aa  124  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
337 aa  123  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0328  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
221 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.661086 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3543  GntR domain-containing protein  43.53 
 
 
235 aa  122  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.909399 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 
226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  38.28 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09790  transcriptional regulator  37.62 
 
 
241 aa  119  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0176841  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4621  GntR domain protein  33.99 
 
 
225 aa  118  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471492  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1794  GntR domain protein  37.56 
 
 
224 aa  118  7e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126744  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
231 aa  117  9e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  33.5 
 
 
225 aa  117  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9327  putative transcriptional regulator  41.76 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0339  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0349  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.495612 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2703  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
225 aa  115  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121781  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  35.81 
 
 
222 aa  115  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  35.21 
 
 
225 aa  115  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0016  GntR domain-containing protein  36.27 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.504347  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  35.19 
 
 
231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  35.45 
 
 
231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1422  regulatory protein GntR HTH  39.43 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0903  GntR domain protein  39.8 
 
 
224 aa  108  7.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.614609  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
226 aa  108  8.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  32.87 
 
 
240 aa  106  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1602  GntR domain protein  29.91 
 
 
222 aa  106  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  34.38 
 
 
230 aa  105  5e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3311  GntR domain protein  29.58 
 
 
218 aa  102  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.439915  hitchhiker  0.000169806 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  32.41 
 
 
239 aa  102  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  35.29 
 
 
226 aa  101  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  34.26 
 
 
235 aa  100  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4529  GntR domain-containing protein  40 
 
 
224 aa  100  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172628 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0366  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
222 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.479858  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  37.19 
 
 
226 aa  99  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  34.8 
 
 
231 aa  99  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
247 aa  97.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  30.29 
 
 
222 aa  97.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1578  GntR domain protein  30.77 
 
 
230 aa  96.7  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00244066  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1051  GntR domain protein  34.31 
 
 
217 aa  94.7  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.802892 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  35.68 
 
 
226 aa  94  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.72 
 
 
245 aa  93.6  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
249 aa  93.2  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
233 aa  92.4  4e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4108  GntR domain-containing protein  39.7 
 
 
227 aa  92  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555011  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  31.07 
 
 
228 aa  91.7  7e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0711  GntR domain protein  36 
 
 
234 aa  90.9  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.103859  normal  0.118228 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  31.07 
 
 
228 aa  90.9  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.5 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  27.96 
 
 
229 aa  90.5  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.87 
 
 
264 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  32.51 
 
 
269 aa  89  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31.31 
 
 
240 aa  88.6  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  35.78 
 
 
243 aa  89  6e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  34.52 
 
 
239 aa  88.2  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
255 aa  87.8  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2216  GntR domain protein  34.12 
 
 
225 aa  87.8  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981571  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  33.86 
 
 
227 aa  87.4  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  31.79 
 
 
249 aa  86.7  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.232072 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  36.02 
 
 
242 aa  87  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  32.35 
 
 
238 aa  86.3  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8203  transcriptional regulator, GntR family  32.54 
 
 
224 aa  86.3  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  28.95 
 
 
249 aa  86.3  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  28.95 
 
 
249 aa  86.3  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.58 
 
 
241 aa  86.3  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  28.95 
 
 
249 aa  86.3  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
238 aa  86.3  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  28.95 
 
 
249 aa  86.3  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.19 
 
 
259 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  30.28 
 
 
250 aa  86.3  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  30.73 
 
 
247 aa  85.9  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  30.73 
 
 
247 aa  85.9  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  30.73 
 
 
247 aa  85.9  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
262 aa  85.5  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  34.65 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 
268 aa  84.3  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  30.99 
 
 
251 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  34.48 
 
 
235 aa  84.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.16 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
251 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
233 aa  82.8  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
252 aa  82.8  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  31 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  31.07 
 
 
245 aa  82.8  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>