More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0253 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  100 
 
 
262 aa  523  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  63.18 
 
 
272 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  62.99 
 
 
268 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  57.95 
 
 
270 aa  281  8.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  59.4 
 
 
273 aa  261  8e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  56.52 
 
 
251 aa  242  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  56.41 
 
 
249 aa  242  5e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  56.41 
 
 
249 aa  242  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  54.47 
 
 
274 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  51.93 
 
 
268 aa  234  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  50.62 
 
 
273 aa  225  5.0000000000000005e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  58.87 
 
 
252 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  52.77 
 
 
247 aa  217  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  53.69 
 
 
272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  52.77 
 
 
247 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  51.49 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  52.42 
 
 
249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  52.42 
 
 
249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  51.06 
 
 
253 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  52.42 
 
 
249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  52.96 
 
 
247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  49.18 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  48.77 
 
 
254 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  48.77 
 
 
249 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  48.77 
 
 
249 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  50.21 
 
 
253 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  50.21 
 
 
253 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  51.56 
 
 
248 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  49.19 
 
 
255 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  51.57 
 
 
236 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  56.46 
 
 
253 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  47.39 
 
 
244 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  47.62 
 
 
251 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  45.89 
 
 
248 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  44.94 
 
 
251 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  48.25 
 
 
237 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  47.81 
 
 
237 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  51.3 
 
 
244 aa  182  7e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  46.49 
 
 
232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
259 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  44.4 
 
 
260 aa  161  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  48.47 
 
 
233 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  48.47 
 
 
233 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  41.41 
 
 
236 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  44.73 
 
 
240 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  41.63 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  43.64 
 
 
242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  40.51 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  39.63 
 
 
234 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  40.53 
 
 
236 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  39.01 
 
 
248 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  39.37 
 
 
299 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
255 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  42.79 
 
 
249 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
245 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  38.57 
 
 
246 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  40.08 
 
 
264 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  40 
 
 
242 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  41.96 
 
 
238 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  38.46 
 
 
242 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  39.83 
 
 
234 aa  134  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  39.75 
 
 
288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  34.76 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  40.54 
 
 
234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 
234 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  38.12 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  40.81 
 
 
258 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  39.09 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
249 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  38.96 
 
 
258 aa  118  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  40.44 
 
 
233 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
252 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  39.42 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  50.74 
 
 
143 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  37.83 
 
 
275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  38.29 
 
 
234 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  38.57 
 
 
234 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  35.62 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  37.39 
 
 
235 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  38.1 
 
 
238 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  38.1 
 
 
253 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 
252 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  34.63 
 
 
250 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  34.04 
 
 
241 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  33.33 
 
 
250 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  35.27 
 
 
215 aa  104  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  39.17 
 
 
234 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  37.73 
 
 
234 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
231 aa  104  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
246 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
239 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0978  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
234 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
246 aa  103  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  34.09 
 
 
239 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>