More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1010 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  100 
 
 		 251 aa  500  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  93.63 
 
 		 251 aa  474  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  73.25 
 
 		 255 aa  348  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  57.2 
 
 		 247 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  58.4 
 
 		 253 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  55.69 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  54.44 
 
 		 253 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 253 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  52.57 
 
 		 253 aa  245  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  53.23 
 
 		 253 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  53.97 
 
 		 249 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  53.97 
 
 		 249 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  53.97 
 
 		 249 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  50.81 
 
 		 249 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  51.9 
 
 		 249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  50.2 
 
 		 274 aa  228  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  53.07 
 
 		 251 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  53.78 
 
 		 268 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  53.54 
 
 		 272 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  51.77 
 
 		 273 aa  221  9e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 254 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  50 
 
 		 249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  50 
 
 		 249 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  49.58 
 
 		 249 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  51.41 
 
 		 272 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  50.61 
 
 		 247 aa  211  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 268 aa  207  9e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  48.76 
 
 		 252 aa  205  5e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  49.12 
 
 		 236 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  46.5 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  44.17 
 
 		 248 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 248 aa  192  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  44.94 
 
 		 262 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  44.84 
 
 		 244 aa  185  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  50.43 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  43.17 
 
 		 232 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  42.68 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  44 
 
 		 260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  41.74 
 
 		 237 aa  162  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  42.36 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  41.33 
 
 		 250 aa  155  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  42.36 
 
 		 233 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  39.65 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  38.89 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  38.75 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 255 aa  143  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  41.74 
 
 		 242 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 245 aa  138  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 		 249 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  41.52 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 288 aa  128  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  38.26 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.27 
 
 		 264 aa  126  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  36.55 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  39.56 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  38.43 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  37.55 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  38.05 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 252 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  32.91 
 
 		 237 aa  122  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  37.5 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 251 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  37.55 
 
 		 242 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  35.02 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.55 
 
 		 253 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  33.33 
 
 		 245 aa  118  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  35.09 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 274 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.77 
 
 		 238 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  41.92 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  38.94 
 
 		 284 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  36.61 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  33.77 
 
 		 229 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  34.05 
 
 		 235 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  36.91 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  34.93 
 
 		 240 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 236 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 233 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  36.91 
 
 		 258 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.47 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.05 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 233 aa  102  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  33.18 
 
 		 252 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  36.52 
 
 		 234 aa  102  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 260 aa  101  9e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  33.62 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31.44 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>