More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3731 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  100 
 
 
253 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  100 
 
 
238 aa  463  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  64.02 
 
 
245 aa  301  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  63.2 
 
 
247 aa  290  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  61.9 
 
 
234 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  61.47 
 
 
234 aa  265  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  59.74 
 
 
234 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  62.34 
 
 
234 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0479  GntR family transcriptional regulator  59.31 
 
 
234 aa  239  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558677  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5125  GntR domain-containing protein  59.31 
 
 
234 aa  239  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0978  GntR family transcriptional regulator  59.31 
 
 
234 aa  237  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4549  GntR domain-containing protein  59.74 
 
 
234 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3213  GntR-like  59.31 
 
 
234 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5154  GntR domain-containing protein  59.31 
 
 
234 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5072  GntR domain-containing protein  59.31 
 
 
234 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1856  GntR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
234 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0578  GntR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
234 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0437  GntR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
234 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1919  GntR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
234 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2012  GntR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
234 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.888081  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0889  GntR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
234 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  53.51 
 
 
258 aa  199  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  49.12 
 
 
264 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  51.75 
 
 
264 aa  196  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  53.51 
 
 
258 aa  188  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  44.84 
 
 
266 aa  186  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  48.74 
 
 
274 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  48.67 
 
 
288 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  46.58 
 
 
251 aa  175  5e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  40.36 
 
 
238 aa  157  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  35.71 
 
 
248 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  38.63 
 
 
254 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  38.63 
 
 
249 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  36.29 
 
 
246 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  36.91 
 
 
249 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  36.48 
 
 
249 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  37.12 
 
 
235 aa  143  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  37.73 
 
 
273 aa  142  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  39.11 
 
 
249 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  38.2 
 
 
249 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  37.33 
 
 
253 aa  138  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  38.68 
 
 
253 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 
253 aa  135  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  39.15 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  39.15 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  39.15 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  37.45 
 
 
253 aa  131  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
248 aa  131  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  37.45 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  39.04 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  37.77 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
268 aa  128  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  37.77 
 
 
251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  37.84 
 
 
272 aa  126  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  36.41 
 
 
249 aa  126  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37 
 
 
255 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  36.4 
 
 
273 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  38.1 
 
 
262 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  37.07 
 
 
247 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
268 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
270 aa  123  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
247 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  37.78 
 
 
246 aa  122  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  37.34 
 
 
247 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  37.76 
 
 
237 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
244 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  37 
 
 
237 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
246 aa  118  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
246 aa  118  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  34.21 
 
 
238 aa  118  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  37.67 
 
 
236 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  34.23 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  37.18 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  38.94 
 
 
237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  35.5 
 
 
275 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  37.04 
 
 
242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1260  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
235 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  36.94 
 
 
284 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  39.01 
 
 
244 aa  112  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1141  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
233 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536549  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  30.34 
 
 
240 aa  111  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.75 
 
 
241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  34.07 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6745  GntR domain-containing protein  36.21 
 
 
243 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  30.13 
 
 
240 aa  109  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  35.02 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
230 aa  108  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  34.76 
 
 
250 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  34.78 
 
 
242 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1641  GntR-like  36.91 
 
 
256 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.655901  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  37.61 
 
 
238 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  33.19 
 
 
237 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  36.77 
 
 
299 aa  106  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  32.13 
 
 
229 aa  106  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>