More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3102 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 249 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  99.6 
 
 		 249 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  97.19 
 
 		 249 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  77.73 
 
 		 249 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  77.33 
 
 		 249 aa  387  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  78.75 
 
 		 274 aa  381  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  72.8 
 
 		 251 aa  357  7e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  67.47 
 
 		 252 aa  323  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 253 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  61.13 
 
 		 253 aa  297  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  61.13 
 
 		 253 aa  294  9e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  61.13 
 
 		 253 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  61.92 
 
 		 249 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  61.92 
 
 		 249 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  61.92 
 
 		 249 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  62.61 
 
 		 273 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  60.85 
 
 		 272 aa  265  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  59.75 
 
 		 270 aa  263  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  62.29 
 
 		 247 aa  261  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  59.11 
 
 		 272 aa  258  8e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 247 aa  255  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 268 aa  254  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  56.12 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  54.67 
 
 		 244 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  53.81 
 
 		 268 aa  248  8e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 248 aa  247  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  52.14 
 
 		 248 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  54.89 
 
 		 253 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  53.45 
 
 		 273 aa  239  4e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  50.87 
 
 		 255 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  55.56 
 
 		 244 aa  222  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  50 
 
 		 251 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  49.15 
 
 		 251 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  50.21 
 
 		 237 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  50.66 
 
 		 237 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  49.36 
 
 		 236 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  48.77 
 
 		 262 aa  210  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  48.05 
 
 		 232 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 237 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 259 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  48.28 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  48.03 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  45.26 
 
 		 242 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  43.72 
 
 		 260 aa  161  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 230 aa  158  9e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  38.6 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  37.45 
 
 		 248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  39.47 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  40.53 
 
 		 234 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  38.96 
 
 		 249 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 240 aa  138  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  38.5 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  36.89 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  40.61 
 
 		 238 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  39.66 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  38.29 
 
 		 236 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  41.48 
 
 		 242 aa  131  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 255 aa  129  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  38.63 
 
 		 238 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  38.63 
 
 		 253 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  40.09 
 
 		 234 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  40.83 
 
 		 233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  32.02 
 
 		 238 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  35.68 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.33 
 
 		 241 aa  118  9e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 249 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  33.92 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  36.1 
 
 		 215 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  34.06 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  35.8 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 218 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  33.66 
 
 		 218 aa  113  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 		 229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  35.04 
 
 		 252 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  47.41 
 
 		 143 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 218 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 218 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 218 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 218 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  37.24 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  31.67 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  34.21 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  35.43 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>