More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1885 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  100 
 
 
248 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  73.28 
 
 
244 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  52.74 
 
 
251 aa  265  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  53.53 
 
 
249 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  53.53 
 
 
249 aa  265  7e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  53.11 
 
 
274 aa  263  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  52.14 
 
 
254 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  52.14 
 
 
249 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  51.71 
 
 
249 aa  251  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  51.28 
 
 
249 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  49.37 
 
 
253 aa  236  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  49.58 
 
 
249 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  49.58 
 
 
249 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  49.58 
 
 
249 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  48.54 
 
 
253 aa  231  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  51.72 
 
 
252 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
270 aa  226  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  47.7 
 
 
253 aa  224  9e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  47.7 
 
 
253 aa  224  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  51.09 
 
 
273 aa  219  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  49.33 
 
 
272 aa  217  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  48.12 
 
 
253 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
268 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  49.11 
 
 
268 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  44.12 
 
 
247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  44.12 
 
 
247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
247 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  44.58 
 
 
251 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  46.55 
 
 
273 aa  206  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  48.75 
 
 
272 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  45.38 
 
 
255 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  44.58 
 
 
251 aa  202  5e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
248 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  45.89 
 
 
262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  48.93 
 
 
232 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  46.44 
 
 
244 aa  188  5.999999999999999e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  44.74 
 
 
236 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  42.92 
 
 
237 aa  175  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  42.44 
 
 
237 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  44.96 
 
 
237 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  46.85 
 
 
259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  46.85 
 
 
233 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  46.85 
 
 
233 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  36.17 
 
 
248 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  36.48 
 
 
246 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  35.74 
 
 
246 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  39.32 
 
 
242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  36.84 
 
 
250 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  41.48 
 
 
230 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  38.21 
 
 
260 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  36.6 
 
 
249 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 
255 aa  135  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  36.32 
 
 
236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  39.91 
 
 
234 aa  128  7.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  37.39 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  38.1 
 
 
299 aa  126  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
240 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
251 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
245 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  34.98 
 
 
236 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
234 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  37.28 
 
 
242 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  36.87 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  36.13 
 
 
241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  34.47 
 
 
264 aa  119  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  34.76 
 
 
241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  33.77 
 
 
238 aa  115  6e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  38.18 
 
 
218 aa  115  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  38.18 
 
 
218 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  37.91 
 
 
218 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
229 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  35.68 
 
 
240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  33.33 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
274 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  32.42 
 
 
254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  36.49 
 
 
215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  38.18 
 
 
218 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
218 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 
233 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  34.47 
 
 
238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  35.37 
 
 
284 aa  113  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
218 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
218 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  38.18 
 
 
218 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
218 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
218 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  31.91 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  35.56 
 
 
233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  32.57 
 
 
229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  36.82 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 
249 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
246 aa  108  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
233 aa  108  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
246 aa  108  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  39.46 
 
 
233 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
258 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>