More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3714 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  84.08 
 
 
272 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  63.03 
 
 
249 aa  293  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  64.22 
 
 
249 aa  292  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  63.09 
 
 
274 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  62.29 
 
 
254 aa  279  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  62.29 
 
 
249 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  61.51 
 
 
249 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  62.88 
 
 
273 aa  278  6e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  61.86 
 
 
249 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  59.92 
 
 
270 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  58.58 
 
 
251 aa  271  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  58.33 
 
 
253 aa  265  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  58.9 
 
 
268 aa  265  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  63.03 
 
 
252 aa  265  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  57.54 
 
 
253 aa  262  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  58.7 
 
 
249 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  58.7 
 
 
249 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  58.7 
 
 
249 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  57.54 
 
 
253 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  57.54 
 
 
253 aa  258  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  57.83 
 
 
272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  57.69 
 
 
248 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  55.2 
 
 
247 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
268 aa  250  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  55.97 
 
 
247 aa  248  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  57.63 
 
 
273 aa  247  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  54.58 
 
 
253 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  55.19 
 
 
255 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  52.96 
 
 
262 aa  230  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  50.61 
 
 
251 aa  228  8e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  49.6 
 
 
251 aa  225  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  49.57 
 
 
244 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  49.18 
 
 
248 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  55.74 
 
 
244 aa  218  5e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  50.21 
 
 
232 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  50.88 
 
 
236 aa  211  9e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  48.55 
 
 
237 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  49.58 
 
 
237 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  49.79 
 
 
259 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  49.36 
 
 
233 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  49.36 
 
 
233 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  46.88 
 
 
260 aa  187  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  46.67 
 
 
242 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  43.28 
 
 
246 aa  161  9e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  45.22 
 
 
230 aa  159  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  42.6 
 
 
246 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
234 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  43.48 
 
 
234 aa  150  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
245 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  40.89 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  40.09 
 
 
249 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  44.29 
 
 
240 aa  145  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  39.83 
 
 
238 aa  145  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  41.3 
 
 
236 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  40.77 
 
 
236 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  37.45 
 
 
250 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  41.59 
 
 
242 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  41.38 
 
 
242 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
274 aa  138  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  40.66 
 
 
299 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  39.39 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  36.36 
 
 
241 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  38.52 
 
 
264 aa  135  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
288 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  41.78 
 
 
233 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  39.83 
 
 
234 aa  131  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
251 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  36.36 
 
 
238 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  36.52 
 
 
229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  36.09 
 
 
229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  36.24 
 
 
235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  34.98 
 
 
243 aa  126  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  37.05 
 
 
284 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  38.98 
 
 
238 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
252 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  35.37 
 
 
254 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 
218 aa  122  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 
218 aa  122  5e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.34 
 
 
253 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.34 
 
 
238 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  35.4 
 
 
241 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  39.13 
 
 
240 aa  122  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
246 aa  121  9e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
246 aa  121  9e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  37.2 
 
 
218 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
218 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  33.91 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 
218 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  36.52 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  37.38 
 
 
215 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
218 aa  119  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
218 aa  119  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  38.77 
 
 
234 aa  119  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.378835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>