More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1157 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  100 
 
 		 252 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  57.51 
 
 		 250 aa  258  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  57.51 
 
 		 250 aa  258  6e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  52.8 
 
 		 254 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  52.4 
 
 		 254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  50.64 
 
 		 239 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  50.64 
 
 		 239 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  55.11 
 
 		 233 aa  218  7e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4644  GntR domain-containing protein  55.7 
 
 		 274 aa  214  9e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.028465  normal  0.119949 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  41.03 
 
 		 229 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  35.9 
 
 		 229 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  39.75 
 
 		 253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  39.75 
 
 		 253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  40.5 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  40.5 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  40.5 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 253 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  36.64 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  38.91 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 247 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 274 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  35.92 
 
 		 249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  35.89 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  33.78 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  35.04 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 254 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 234 aa  112  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 251 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  35.27 
 
 		 273 aa  111  9e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  35.53 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  34.62 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.43 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  33.89 
 
 		 249 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  33.2 
 
 		 248 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  36.91 
 
 		 236 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  33.63 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  32.76 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  31.76 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  32.79 
 
 		 253 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  33.78 
 
 		 244 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  31.33 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  36.48 
 
 		 236 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  33.33 
 
 		 272 aa  102  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  35.81 
 
 		 273 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  34.67 
 
 		 232 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 270 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  102  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  32.23 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  33.18 
 
 		 251 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  32.59 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  34.21 
 
 		 240 aa  99.8  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  35.34 
 
 		 252 aa  99.8  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  34.95 
 
 		 235 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  33.8 
 
 		 234 aa  99  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 240 aa  99  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  33.91 
 
 		 236 aa  98.6  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  34.65 
 
 		 238 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  34.43 
 
 		 262 aa  97.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.33 
 
 		 241 aa  97.1  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  34.31 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  33.62 
 
 		 237 aa  96.3  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  32.34 
 
 		 249 aa  95.9  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  34.73 
 
 		 299 aa  95.9  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  34.75 
 
 		 248 aa  95.1  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  34.27 
 
 		 238 aa  93.6  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  28.76 
 
 		 245 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  31.84 
 
 		 241 aa  93.2  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 230 aa  93.6  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  34.93 
 
 		 233 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.06 
 
 		 264 aa  92.8  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  32.49 
 
 		 233 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  32.07 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  32.22 
 
 		 233 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 259 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  31.65 
 
 		 240 aa  89.7  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 		 231 aa  89.7  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 239 aa  89  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 246 aa  89  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 246 aa  89  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  31.15 
 
 		 256 aa  88.6  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  28.07 
 
 		 239 aa  87.8  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  33.33 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  33.89 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  35.65 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  32.91 
 
 		 243 aa  86.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  30.8 
 
 		 255 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 233 aa  86.3  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  31.58 
 
 		 238 aa  86.3  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  33.48 
 
 		 242 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>