More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1886 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 242 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 		 249 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  50.64 
 
 		 274 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  49.57 
 
 		 249 aa  201  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  49.11 
 
 		 251 aa  188  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  48.18 
 
 		 273 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  48.33 
 
 		 252 aa  176  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 254 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  44.49 
 
 		 249 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  45.26 
 
 		 249 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  45.26 
 
 		 249 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  47.3 
 
 		 272 aa  174  8e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 268 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 253 aa  170  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  46.58 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  46.35 
 
 		 249 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  46.35 
 
 		 249 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  46.35 
 
 		 249 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 270 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  45.49 
 
 		 253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  45.49 
 
 		 253 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  44.59 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  44.26 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 268 aa  158  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  41.46 
 
 		 247 aa  156  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  43.64 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  40.16 
 
 		 253 aa  155  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  40.26 
 
 		 244 aa  155  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 247 aa  155  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 248 aa  155  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  43.42 
 
 		 255 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  41.74 
 
 		 251 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  38.89 
 
 		 248 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  40.87 
 
 		 251 aa  148  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  41.07 
 
 		 273 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  44.75 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  45.29 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  39.65 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  43.84 
 
 		 233 aa  131  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  40.25 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  43.38 
 
 		 233 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 259 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  44.98 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  33.91 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 234 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  38.22 
 
 		 234 aa  120  3e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  36.21 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 		 299 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  36.16 
 
 		 249 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  37.89 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 247 aa  112  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  35.59 
 
 		 242 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  35.59 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  36.04 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  35.59 
 
 		 248 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  37.33 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 288 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  35.5 
 
 		 240 aa  102  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  34.56 
 
 		 255 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 252 aa  101  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.55 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  32.88 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 251 aa  98.6  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  33.92 
 
 		 235 aa  97.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  31.98 
 
 		 266 aa  97.8  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  34.47 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 256 aa  97.4  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  34.55 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 251 aa  96.3  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  31.34 
 
 		 253 aa  96.7  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  33.78 
 
 		 229 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  36.53 
 
 		 236 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  32.71 
 
 		 255 aa  95.9  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3543  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 242 aa  95.5  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  34.09 
 
 		 229 aa  95.5  7e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.83 
 
 		 257 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  35.81 
 
 		 236 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.83 
 
 		 257 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  35.67 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.83 
 
 		 257 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.83 
 
 		 257 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  35.68 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.83 
 
 		 257 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  30.28 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  33.74 
 
 		 233 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  30.73 
 
 		 244 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  35.65 
 
 		 252 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  34.25 
 
 		 284 aa  92.8  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 249 aa  93.2  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  34.22 
 
 		 234 aa  93.2  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 234 aa  92.8  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.43 
 
 		 258 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>