More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3466 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  100 
 
 
255 aa  528  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  86.27 
 
 
255 aa  461  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  84.71 
 
 
255 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  69.65 
 
 
257 aa  363  1e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  51.46 
 
 
244 aa  261  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  53.14 
 
 
247 aa  259  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  53.14 
 
 
247 aa  259  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  53.14 
 
 
247 aa  259  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  50.81 
 
 
268 aa  254  9e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  47.81 
 
 
258 aa  252  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  50 
 
 
244 aa  248  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  50 
 
 
244 aa  247  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  48.96 
 
 
243 aa  233  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  49.19 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  49.19 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  49.19 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  49.19 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  49.19 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  49.2 
 
 
257 aa  229  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.39 
 
 
257 aa  226  3e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  44.86 
 
 
256 aa  226  3e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.57 
 
 
257 aa  225  6e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.57 
 
 
257 aa  225  6e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.57 
 
 
257 aa  225  6e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  48.57 
 
 
257 aa  224  9e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  48.57 
 
 
257 aa  224  9e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  48.57 
 
 
257 aa  224  9e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.57 
 
 
257 aa  224  9e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  46.38 
 
 
255 aa  223  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 
252 aa  220  9.999999999999999e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.57 
 
 
258 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  41.94 
 
 
259 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.28 
 
 
258 aa  186  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.469986 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  42.34 
 
 
258 aa  186  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.34 
 
 
258 aa  186  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.34 
 
 
258 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.34 
 
 
258 aa  186  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.34 
 
 
258 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.652539 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  42.34 
 
 
258 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.34 
 
 
258 aa  186  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  42.34 
 
 
258 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.17 
 
 
258 aa  186  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 
249 aa  184  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  41.53 
 
 
264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  41.53 
 
 
264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  41.53 
 
 
264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  41.22 
 
 
258 aa  180  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  41.22 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  40.73 
 
 
258 aa  179  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  39 
 
 
249 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  39 
 
 
249 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  39 
 
 
249 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  39 
 
 
249 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  38.29 
 
 
245 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  38.96 
 
 
253 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  38.79 
 
 
245 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 
255 aa  135  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  36.73 
 
 
246 aa  135  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  36.2 
 
 
240 aa  132  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  38.46 
 
 
223 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  35.83 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  37.67 
 
 
245 aa  126  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  33.33 
 
 
260 aa  125  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
251 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01468  putative regulatory protein, GntR family  37.21 
 
 
243 aa  122  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  34.85 
 
 
250 aa  122  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  33.88 
 
 
255 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  33.88 
 
 
255 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  33.88 
 
 
255 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
269 aa  120  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  34.08 
 
 
235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  33.75 
 
 
253 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  33.75 
 
 
253 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  35.29 
 
 
240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  35.29 
 
 
240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  33.96 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  35.86 
 
 
237 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  37.86 
 
 
244 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  34.25 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  34.72 
 
 
249 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  34.72 
 
 
234 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  34.84 
 
 
255 aa  112  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  34.06 
 
 
238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 
239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 
247 aa  108  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 
236 aa  106  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
253 aa  106  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  31.67 
 
 
252 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  38.61 
 
 
252 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0743  GntR domain-containing protein  36.4 
 
 
286 aa  104  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
251 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  33.33 
 
 
247 aa  102  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  34.11 
 
 
233 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  34.11 
 
 
233 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  34.11 
 
 
233 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>