More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3331 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  100 
 
 
249 aa  506  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  99.6 
 
 
249 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  99.6 
 
 
249 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  99.6 
 
 
249 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  77.82 
 
 
249 aa  417  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  44.49 
 
 
268 aa  194  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  38.68 
 
 
255 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  39 
 
 
255 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  39.92 
 
 
258 aa  178  8e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
256 aa  177  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.16 
 
 
257 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.16 
 
 
257 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.16 
 
 
257 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.16 
 
 
257 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.16 
 
 
257 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.08 
 
 
257 aa  176  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  40.41 
 
 
255 aa  175  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.08 
 
 
257 aa  175  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.08 
 
 
257 aa  175  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.08 
 
 
257 aa  175  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  40.08 
 
 
257 aa  175  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  39.68 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  39.68 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  39.68 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  39.68 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  39.26 
 
 
244 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  39.09 
 
 
247 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  39.42 
 
 
243 aa  171  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  39.09 
 
 
247 aa  171  9e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  39.09 
 
 
247 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  37.45 
 
 
255 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  37.45 
 
 
244 aa  166  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  37.45 
 
 
244 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.1 
 
 
258 aa  156  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.652539 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  38.1 
 
 
258 aa  156  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  38.1 
 
 
258 aa  156  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  38.1 
 
 
258 aa  156  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.1 
 
 
258 aa  156  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.1 
 
 
258 aa  156  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.1 
 
 
258 aa  156  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.1 
 
 
258 aa  156  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.19 
 
 
258 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.84 
 
 
258 aa  156  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  37.7 
 
 
259 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.75 
 
 
264 aa  153  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.06 
 
 
258 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  37.75 
 
 
258 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.75 
 
 
264 aa  153  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.75 
 
 
264 aa  153  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  38.86 
 
 
245 aa  151  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.82 
 
 
258 aa  151  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.47 
 
 
258 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 
240 aa  148  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
240 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
245 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  37.19 
 
 
240 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  37.19 
 
 
240 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  35.09 
 
 
253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  38.69 
 
 
245 aa  125  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  38.84 
 
 
245 aa  125  6e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
265 aa  125  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
257 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  35.11 
 
 
235 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
255 aa  122  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  33.77 
 
 
260 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 
246 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  34.23 
 
 
223 aa  118  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
250 aa  117  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
253 aa  115  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  35.19 
 
 
250 aa  114  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3287  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
256 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0416745  normal  0.920841 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  33.62 
 
 
233 aa  108  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01468  putative regulatory protein, GntR family  34.38 
 
 
243 aa  108  6e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  33.91 
 
 
233 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  31.48 
 
 
253 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  33.91 
 
 
233 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  33.91 
 
 
233 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  29.18 
 
 
255 aa  106  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  30.49 
 
 
239 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.49 
 
 
250 aa  103  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0743  GntR domain-containing protein  34.47 
 
 
286 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  33.52 
 
 
244 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  31.15 
 
 
240 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  34.05 
 
 
255 aa  101  9e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
255 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30.33 
 
 
245 aa  100  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  34.5 
 
 
237 aa  99.8  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  29.33 
 
 
239 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  31.6 
 
 
233 aa  99  6e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  31.95 
 
 
247 aa  99  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  31.67 
 
 
251 aa  99  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
255 aa  98.6  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
241 aa  97.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>