More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0553 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  100 
 
 		 253 aa  499  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  36.24 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 256 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 255 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  33.2 
 
 		 255 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  33.04 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  32.62 
 
 		 255 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  32.48 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  30.43 
 
 		 240 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 255 aa  108  8.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  36.02 
 
 		 257 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  36.02 
 
 		 257 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.02 
 
 		 257 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  36.02 
 
 		 257 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 233 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  32.07 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  31.48 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  31.48 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  31.48 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  31.48 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  31.7 
 
 		 244 aa  106  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.02 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.02 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.02 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.02 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  32.46 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.55 
 
 		 257 aa  105  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  29 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.74 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  32.62 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  34.11 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  32.2 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  34.58 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  34.53 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  30.36 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  33.63 
 
 		 233 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  37.19 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.71 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.71 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.71 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  34.06 
 
 		 255 aa  99.8  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.71 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.71 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3543  GntR domain-containing protein  38.92 
 
 		 235 aa  99.8  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.909399 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  30.53 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  30.53 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.53 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 257 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  30.53 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.53 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.53 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  31.36 
 
 		 233 aa  99  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  34.11 
 
 		 255 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.53 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.53 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 255 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 236 aa  98.6  8e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 		 223 aa  98.6  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  33.82 
 
 		 222 aa  98.6  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 255 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.09 
 
 		 258 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  31.86 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  32.24 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  31.86 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.03 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  31.03 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 249 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  31.86 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  33.05 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  36.56 
 
 		 235 aa  97.1  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  30.6 
 
 		 239 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  33.62 
 
 		 250 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  33.94 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 240 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 233 aa  96.3  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  38.94 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 232 aa  95.9  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  33.63 
 
 		 234 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  33.05 
 
 		 250 aa  95.9  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  30.86 
 
 		 253 aa  95.5  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  30.53 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.83 
 
 		 245 aa  94.7  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  31.73 
 
 		 237 aa  94.7  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 258 aa  94.7  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  32.29 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 251 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.81 
 
 		 259 aa  94  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 240 aa  93.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  32.29 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>