More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3384 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  100 
 
 		 250 aa  507  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  93.17 
 
 		 250 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  91.2 
 
 		 250 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  91.16 
 
 		 250 aa  461  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  91.2 
 
 		 250 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  91.6 
 
 		 250 aa  462  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  90.8 
 
 		 250 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  91.2 
 
 		 250 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  91.2 
 
 		 250 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  91.16 
 
 		 250 aa  462  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  91.6 
 
 		 250 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  91.6 
 
 		 250 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  91.6 
 
 		 250 aa  462  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  90 
 
 		 250 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  90.36 
 
 		 250 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  88.4 
 
 		 250 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  57.6 
 
 		 254 aa  296  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  53.75 
 
 		 256 aa  285  5e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  57.56 
 
 		 254 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  57.98 
 
 		 254 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  57.56 
 
 		 254 aa  281  6.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  57.14 
 
 		 254 aa  281  8.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  57.14 
 
 		 254 aa  277  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  57.14 
 
 		 278 aa  277  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  57.14 
 
 		 254 aa  277  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  57.6 
 
 		 254 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 		 255 aa  275  5e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  56.65 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 		 254 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 		 254 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 		 254 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 		 254 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 		 254 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  54.51 
 
 		 255 aa  265  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  53.41 
 
 		 249 aa  263  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  52.4 
 
 		 256 aa  263  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  50.41 
 
 		 263 aa  255  5e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  50.62 
 
 		 251 aa  249  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  49.79 
 
 		 248 aa  239  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  50 
 
 		 258 aa  238  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 261 aa  212  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 257 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 255 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  45.9 
 
 		 257 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  44.27 
 
 		 255 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  44.27 
 
 		 255 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 255 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  44.27 
 
 		 255 aa  201  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 258 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  43.04 
 
 		 261 aa  188  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 255 aa  187  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  42.57 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  39.57 
 
 		 257 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 255 aa  158  9e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  39.91 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  39.91 
 
 		 255 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  35.97 
 
 		 265 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  33.73 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  34.52 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 255 aa  151  8.999999999999999e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 247 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  36.36 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.3 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  37.9 
 
 		 237 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  37.9 
 
 		 237 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.14 
 
 		 258 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.55 
 
 		 258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.83 
 
 		 258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  37.86 
 
 		 257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.55 
 
 		 258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.74 
 
 		 268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.55 
 
 		 258 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  37.79 
 
 		 234 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  35.83 
 
 		 258 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  35.83 
 
 		 258 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.83 
 
 		 258 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.83 
 
 		 258 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  35.83 
 
 		 258 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.83 
 
 		 258 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.83 
 
 		 258 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.42 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  33.92 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  36.73 
 
 		 258 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  36.73 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  37.3 
 
 		 252 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  36.12 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  34.2 
 
 		 251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>