More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2904 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  100 
 
 		 240 aa  497  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  97.92 
 
 		 240 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  70.64 
 
 		 241 aa  357  9e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  72.49 
 
 		 239 aa  352  4e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  70.21 
 
 		 239 aa  347  8e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  67.08 
 
 		 243 aa  346  2e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 233 aa  149  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  37.97 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  34.89 
 
 		 239 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  37.22 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 232 aa  141  9e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  36.36 
 
 		 254 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 239 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 239 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 239 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  36.67 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  35.22 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 366 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  34.62 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  36.48 
 
 		 256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 228 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 248 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  35.93 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.71 
 
 		 258 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  35.22 
 
 		 254 aa  135  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  35.65 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  35.65 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  35.65 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  35.65 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  34.38 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  34.38 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  34.38 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.38 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.38 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  33.92 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.38 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.38 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.38 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.27 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.27 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.82 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.27 
 
 		 258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 257 aa  132  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 255 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  33.93 
 
 		 258 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.27 
 
 		 257 aa  131  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 255 aa  131  9e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  35.9 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  35.44 
 
 		 240 aa  131  9e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  34.78 
 
 		 254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  35.5 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  35.5 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  35.5 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  35.5 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  35.5 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  38.67 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  35.09 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  36.4 
 
 		 251 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  32.48 
 
 		 255 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  35.22 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  34.45 
 
 		 241 aa  126  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  33.76 
 
 		 257 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 255 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  34.98 
 
 		 239 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 255 aa  124  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  32.91 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  32.77 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 255 aa  123  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  33.76 
 
 		 255 aa  123  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  33.33 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  36.99 
 
 		 252 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  34.22 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  34.65 
 
 		 250 aa  123  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  34.07 
 
 		 250 aa  122  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  33.76 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  32.13 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  35.09 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  30.77 
 
 		 228 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  35.09 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  35.09 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  35.09 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  34.36 
 
 		 250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  30.34 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  33.92 
 
 		 250 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  32.6 
 
 		 249 aa  118  7e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>