More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0430 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  100 
 
 		 250 aa  503  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  95.6 
 
 		 250 aa  485  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  93.2 
 
 		 250 aa  474  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  93.17 
 
 		 250 aa  471  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  92.77 
 
 		 250 aa  470  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  92.77 
 
 		 250 aa  470  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  92.77 
 
 		 250 aa  470  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  93.17 
 
 		 250 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  93.17 
 
 		 250 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  93.17 
 
 		 250 aa  471  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  92.37 
 
 		 250 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  92.77 
 
 		 250 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  92.37 
 
 		 250 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  90.36 
 
 		 250 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  90 
 
 		 250 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  88.76 
 
 		 250 aa  454  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  57.6 
 
 		 254 aa  292  4e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  55.16 
 
 		 256 aa  286  2e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  58.4 
 
 		 254 aa  280  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  58.4 
 
 		 254 aa  280  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  57.98 
 
 		 254 aa  278  4e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  57.98 
 
 		 254 aa  279  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  56.72 
 
 		 254 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  56.72 
 
 		 254 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  56.72 
 
 		 278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  57.94 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  57.94 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  56.4 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  57.94 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  57.94 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  57.94 
 
 		 254 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  56.6 
 
 		 255 aa  268  5e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  57.08 
 
 		 254 aa  267  8.999999999999999e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  53.41 
 
 		 249 aa  265  5.999999999999999e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  54.47 
 
 		 255 aa  263  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  52.4 
 
 		 256 aa  262  4.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  51.22 
 
 		 263 aa  256  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  48.98 
 
 		 251 aa  244  8e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  49.79 
 
 		 248 aa  238  5e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  49.59 
 
 		 258 aa  235  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 255 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 257 aa  202  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 257 aa  201  8e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  45.9 
 
 		 257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  44.27 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  43.87 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  44.05 
 
 		 255 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 258 aa  191  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  43.64 
 
 		 261 aa  190  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 255 aa  188  7e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  42.57 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  41.7 
 
 		 257 aa  167  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  40.17 
 
 		 265 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  37.93 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  37.93 
 
 		 255 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 255 aa  152  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  34.13 
 
 		 270 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 255 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  34.39 
 
 		 270 aa  151  8.999999999999999e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  36.13 
 
 		 255 aa  148  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  34.96 
 
 		 285 aa  148  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  38.37 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  37.45 
 
 		 257 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.5 
 
 		 258 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.96 
 
 		 258 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  38.25 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.96 
 
 		 258 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  36.89 
 
 		 257 aa  141  8e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.14 
 
 		 258 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  36.87 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.34 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  36.87 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  36.67 
 
 		 258 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  35.04 
 
 		 251 aa  138  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 318 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  33.89 
 
 		 258 aa  135  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 366 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  33.89 
 
 		 258 aa  135  8e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  33.89 
 
 		 258 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  33.89 
 
 		 258 aa  134  9e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  33.89 
 
 		 258 aa  135  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>