More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3345 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  100 
 
 
268 aa  540  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  47.04 
 
 
257 aa  227  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  47.04 
 
 
258 aa  225  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  47.04 
 
 
258 aa  225  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  47.04 
 
 
258 aa  225  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  46.64 
 
 
258 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  46.64 
 
 
258 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  45.74 
 
 
258 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  48.8 
 
 
254 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  45.31 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  45.31 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  45.31 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  45.31 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  45.31 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  45.31 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  45.31 
 
 
258 aa  216  4e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  44.92 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  38.93 
 
 
252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  36.29 
 
 
258 aa  161  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  38.56 
 
 
255 aa  161  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  40.39 
 
 
256 aa  159  5e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
255 aa  158  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  37.82 
 
 
251 aa  155  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  39.42 
 
 
261 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  39.29 
 
 
255 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  39.29 
 
 
255 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
257 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
257 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  39.26 
 
 
257 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  38.49 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 
258 aa  146  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  35.74 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  36.14 
 
 
250 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  34.94 
 
 
250 aa  143  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  35.08 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  35.48 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  35.08 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  35.08 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  35.34 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  35.08 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  34.68 
 
 
250 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  35.08 
 
 
250 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  35.48 
 
 
250 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  34.68 
 
 
250 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  34.68 
 
 
250 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  34.68 
 
 
250 aa  140  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  33.87 
 
 
256 aa  138  7e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  33.06 
 
 
254 aa  138  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  35.2 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  35.32 
 
 
255 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  33.46 
 
 
253 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  34.33 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  32.22 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  32.22 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  32.93 
 
 
251 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  31.5 
 
 
263 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  33.6 
 
 
256 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
255 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  31.38 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  32.62 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
239 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
239 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
239 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
318 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  33.04 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  33.04 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  33.04 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  33.04 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  33.04 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
248 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
366 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  31.2 
 
 
254 aa  125  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
255 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  30.96 
 
 
254 aa  124  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  30.24 
 
 
248 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  35.5 
 
 
248 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.2 
 
 
259 aa  123  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.68 
 
 
259 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  31.88 
 
 
278 aa  122  8e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  35.29 
 
 
255 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.2 
 
 
263 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
255 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  31.06 
 
 
241 aa  122  9e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  31.33 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  35.29 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  31.33 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.2 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  31.47 
 
 
249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>