More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0427 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  100 
 
 
250 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  100 
 
 
250 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  100 
 
 
250 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  100 
 
 
250 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  97.6 
 
 
250 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  98 
 
 
250 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  98 
 
 
250 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  98 
 
 
250 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  96.4 
 
 
250 aa  489  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  93.98 
 
 
250 aa  475  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  93.57 
 
 
250 aa  472  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  93.17 
 
 
250 aa  471  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  93.17 
 
 
250 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  92 
 
 
250 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  91.6 
 
 
250 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  90 
 
 
250 aa  455  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  57.2 
 
 
254 aa  294  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  54.37 
 
 
256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  57.98 
 
 
254 aa  281  5.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  57.98 
 
 
254 aa  281  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  57.56 
 
 
254 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  57.56 
 
 
254 aa  279  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  56.72 
 
 
254 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  56.72 
 
 
254 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  56.72 
 
 
278 aa  275  6e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  56.4 
 
 
254 aa  272  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  57.51 
 
 
254 aa  273  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  57.26 
 
 
254 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  57.26 
 
 
254 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  57.26 
 
 
254 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  57.26 
 
 
254 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  57.26 
 
 
254 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  56.17 
 
 
255 aa  270  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  53.82 
 
 
249 aa  265  5e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  52.4 
 
 
256 aa  265  7e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  53.62 
 
 
255 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  50.81 
 
 
263 aa  257  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  49.8 
 
 
251 aa  251  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  49.38 
 
 
248 aa  241  6e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  50 
 
 
258 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  47.93 
 
 
257 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 
261 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  47.93 
 
 
257 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  44.84 
 
 
255 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
257 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  45.34 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  44.66 
 
 
255 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  45.06 
 
 
255 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  45.06 
 
 
255 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  43.65 
 
 
255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  44.35 
 
 
258 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
255 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  40.78 
 
 
255 aa  188  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  42.28 
 
 
256 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  39.48 
 
 
255 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  39.48 
 
 
255 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  40.25 
 
 
257 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  39.48 
 
 
255 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
255 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  35.44 
 
 
255 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
255 aa  155  7e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  34.39 
 
 
270 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  36.58 
 
 
265 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  33.2 
 
 
270 aa  151  8e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  40 
 
 
257 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
247 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  37.7 
 
 
254 aa  149  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  38.71 
 
 
234 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
288 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  37.79 
 
 
237 aa  148  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  37.79 
 
 
237 aa  148  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  36.82 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.3 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.3 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  34.51 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  36.48 
 
 
258 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  36.4 
 
 
258 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  36.89 
 
 
257 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.31 
 
 
258 aa  141  9e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.31 
 
 
258 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.31 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  34.31 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  34.31 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.31 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.31 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.68 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  34.31 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.31 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  37.1 
 
 
252 aa  139  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  35.04 
 
 
251 aa  135  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
239 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>